Synopsis - Le moine franciscain Guillaume de Baskerville (Sean Connery) et son novice Adso (Christian Slater) sont chargés d'enquêter sur une mort mystérieuse qui s'est produite dans une abbaye dominicaine juste avant une importante réunion théologique. Mais ce n'est que le début, car dans les jours qui suivent, d'autres morts bizarres surviennent. Guillaume ne tarde pas à soupçonner Savatore, un moine dément, et son protecteur Remigio da Varagine, d'avoir appartenu à une secte hérétique, et par conséquent, d'être liés aux décès mystérieux... Le mystère s'épaissit lorsque Guillaume découvre une gigantesque bibliothèque, comprenant notamment des oeuvres des philosophes grecs que l'on croyait perdues à jamais. De plus, l'enquête va se compliquer avec l'arrivée de l'inquisiteur Bernardo Gui (F. Murray Abraham), avec qui Guillaume a déjà été en conflit par le passé...