Scénario n°1. Les virus sont apparus avant "l'invention" des cellules
Difficile de savoir quand sont apparus les virus. Auraient-ils pu apparaître avant les cellules ? "C'est peu probable, selon Anne-Lise Haenni, chercheur à l'Institut Jacques Monod. Car si les virus avaient été autrefois "vivants", ils auraient eu du matériel réplicatif. Et il est difficile d'envisager que ce matériel ait été assez stable
avant l'invention de la cellule."
Cela dit, l'étude des ARN, et notamment de leurs fonctions enzymatiques, permettent d'envisager une telle hypothèse. Si l'on découvrait des enzymes capable d'assembler des molécules (des polymérases) qui ne soient pas protéiques mais sous forme d'acides nucléiques (ARN), l'hypothèse serait relancée.
Scénario n°2. Ils sont apparus en même temps
Dans cette perspective, les virus seraient apparus simultanément des molécules les plus primitives qui, les premières, réussirent à se reproduire. Quelques-unes de ces molécules auraient fini par constituer des unités d'organisation et de duplication appelées cellules, tandis que d'autres se seraient assemblées pour former les particules virales, qui en évoluant de façon parallèle aux cellules, en seraient devenues des parasites.
Scénario n°3. Ils sont apparus après
Aujourd'hui, tous types de cellules peuvent être infectés. Ce qui laisse penser que les virus sont apparus après les premières cellules. Comment ?
Une cellule a pu en infecter une autre, puis perdre sa capacité à être autonome. C'est ce que suggèrent les rickettsies.
Cette théorie voit également dans les virus les plus complexes (comme les herpès) le résultat d'une régression, celle de petites cellules procaryotes ayant parasitées de plus grosses puis s'étant simplifiées à l'extrême et étant devenues plus dépendantes de leur hôte. Les virus seraient donc une forme parasitaire qui aurait connu une évolution simplificatrice ?
Pas sûr ! Une autre hypothèse appréhende les virus comme des morceaux d'ADN ou d'ARN devenus indépendants et capables de sortir d'une cellule et de mener une vie parasitaire.