Variant du Covid en France : derniers chiffres, dernières cartes

Variant du Covid en France : derniers chiffres, dernières cartes VARIANT COVID. Les variants du coronavirus circulent et évoluent en France depuis la fin de l'année 2020 : variant Alpha, variant Bêta, variant Delta... Où en est la situation de chaque variant dans le pays ? Voici les derniers chiffres et les dernières cartes à jour...

[Mis à jour le 19 juillet 2021 à 16h36] C'est désormais certain : le variant Delta (indien) a supplanté le variant Alpha (britannique) en France et est déjà largement majoritaire dans le pays. Depuis plusieurs semaines, les signaux se multiplient pour alerter sur cette évolution majeure des variants du coronavirus en France. Il y a eu plusieurs déclarations du ministre de la Santé Olivier Véran ou du Directeur général de la Santé Jérôme Salomon, un avis du Conseil scientifique le 24 mai, les alertes de nombreux épidémiologistes inquiets de la situation en Inde puis au Royaume-Uni, où le variant dit "indien" représente désormais 90% des nouvelles contaminations... Face à une épidémie de coronavirus relancée par ce variant Delta, Emmanuel Macron a finalement annoncé le 12 juillet de nouvelles contraintes pour inciter la population à se faire vacciner contre le Covid, notamment la vaccination obligatoire de tous les soignants d'ici au 15 septembre et le recours au pass sanitaire dans de nombreux lieux recevant du public pendant l'été.

Quels variants du Covid-19 circulent en France ?

Selon Santé publique France, plusieurs variants circulent en France depuis la fin de l'année 2020 et l'évolution du SARS-Cov-2. La souche d'origine, dite "chinoise", du coronavirus a rapidement été supplantée par le variant dit "britannique" (VOC 20I/501Y.V1 ou B.1.1.7.), qui a depuis été renommé "variant Alpha" par l'OMS. Après avoir atteint environ 90% des cas, il a progressivement laissé a place à un autre variant, le variant Delta, dit "indien" au début de l'été. Si bien que Santé publique France a fait évoluer sa stratégie de criblage le 31 mai 2021. Le variant Alpha n'est plus traqué de manière systématique dans les tests positifs, mais ce sont désormais trois "mutations d'intérêt" qui sont recherchées : la mutation E484K portée notamment par les variants Bêta (sud-africain) et Gamma (brésilien), la mutation E484Q (très marginale) et la mutation L452R (portée notamment par le variant Delta). Santé publique France détaille cette nouvelle nomenclature sur son site, et distingue finalement 5 "variants préoccupants" (à gauche ci-dessous). Voici l'ensemble des variants sur lesquels se penche l'agence de santé : 

Variants préoccupants (VOC) Variants à suivre (VOI) Variants en cours d'évaluation (VUM)
  • VOC 20I/501Y.V1 (B.1.1.7, Alpha) dit variant "britannique"
  • VOC 20H/501Y.V2 (B.1.351, Beta) dit variant "sud-africain"
  • VOC 20J/501Y.V3 (P.1, Gamma) dit variant "brésilien"
  • VOC 21A/478K (B.1.617.2, Delta) dit variant "indien" 
  • VOC 20I/484K ou 484Q (B.1.1.7 + E484K/Q) des variants très minoritaires détectés à Bordeaux en Bretagne, dans les Hauts-de-France ou en Ile-de-France
  • VUI 20A/484K (B.1.525, Eta) initialement détecté au Nigéria
  • VUI 21A/154K (B.1.617.1, Kappa) issu du même lignage que le variant dit "indien"
  • VUI 20B/681H (B.1.1.318)
  • VUI 20I/452R (B.1.1.7 + L452R)
  • VUI 20D/452R (C36.3)
  • VUI 20A/145Ins (B.1.621)
  • VUM 20C/484K ou 20C/477N (B.1.526, Iota) initialement détecté à New-York
  • VUM 20C/655Y (B.1.616) détecté dans des clusters en Bretagne (Côte d'Armor)
  • 20A/214Ins (B.1.214.2)
  • 20A/440K (B.1.619)
  • 20A/477N (B.1.620)
  • VUM 20C/452R (B.1.427 / B.1.429, Epsilon) initialement détecté en Californie
  • 19B/501Y (A.27) Non détecté
  • VUM 20B/484K (P.2, Zeta) variant brésilien 2, Non détecté
  • VUM 20D/452Q (C.37, Lambda) initialement détecté au Pérou

Combien y a-t-il de cas de variants du Covid en France ?

Plusieurs méthodes sont employées pour tenter de mesurer l'évolution des variants sur le territoire et le nombre de cas. Un criblage systématique (en réalité un peu moins de 50%) des tests RT-PCR permet d'abord de détecter les mutations au fil de l'eau. "En cas de diagnostic positif d'un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé permettant de détecter les principales mutations d'intérêt", indique Santé publique France. Par ailleurs, des enquêtes dites "Flash" sont menées à intervalles réguliers par les autorités sanitaires française pour analyser plus finement la propagation du coronavirus et de ses variants :

Les derniers tests de criblage rapportés par Santé publique France sur son site, portant sur la semaine du 10 au 16 juillet 2021 et sur 18 777 résultats de criblages (48,4% du nombre de tests TAG et PCR positifs), rapportent les chiffres suivants :

  • 1 658 résultats positifs pour la mutation E484K ont été enregistrés, soit 6,8% des PCR criblées.
  • 319 résultats positifs pour la mutation E484Q ont été enregistrés, soit 1,3% des PCR criblées.
  • 19 422 résultats positifs pour la mutation L452R ont été enregistrés, soit 79,3% des PCR criblées.
     
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Cartes des variants du Covid en France

Santé publique France présente sur son site Géodes plusieurs cartes affichant la progression des variants dans le pays. Ces cartes, mises à jour quotidiennement, livrent le pourcentage de chaque mutation parmi les tests criblés dans la base SI-DEP sur une semaine glissante, avec trois jours de retard. Depuis début juin 2021, Santé publique France a modifié sa stratégie de criblage, comme expliqué ci-dessous, pour se focaliser sur les mutations (E484K, E484Q et L452R) et non les variants (Alpha, Bêta, Gamma, Delta...). Mais chaque mutation est généralement associée à un ou plusieurs de ces variants :

Taux de tests avec présence de la mutation E484K (Bêta et Gamma)

Taux de tests avec présence de la mutation E484Q (marginal)

Taux de tests avec présence de la mutation L452R (Delta)

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Variant, nouvelle souche ou mutation du Covid, de quoi parle-t-on ?

Pour comprendre l'évolution du SARS-CoV-2 qui sévit dans le monde depuis novembre 2019, il est salutaire de préciser comment les autorités internationales et françaises observent et classifient les mutations et les variants du virus. Il faut d'abord savoir que le coronavirus subit, depuis son émergence dans la région de Wuhan, en Chine, des mutations régulières, autrement dit des changements mineurs liés à des erreurs de réplication de brins d'ARN du virus (l'acide ribonucléique, constitutif de son génome) dans nos cellules. "Ces mutations peuvent n'avoir aucune conséquence, voire avoir un effet négatif sur le virus. D'autres en revanche peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie", indiquait l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm) dans un communiqué daté du 11 janvier 2021. Ces variations sont communes à tous les virus, selon les spécialistes, et c'est le cas pour le Covid-19 qui aurait déjà connu des milliers de mutations.

On parle de "variant" ou de "nouvelle souche", quand une modification plus prononcée a eu lieu. Parmi elles, la variante D614G, elle-même issue de la souche identifiée en Chine fin 2019, est par exemple devenue la forme dominante du virus en Europe à partir du milieu de l'année 2020. Elle a depuis été supplantée par plusieurs variants successifs. L'OMS dispose d'une classification officielle pour ces nouveaux variants et distingue :

  • Les "variant under monitoring" (VUM), ou "variants en cours d'évaluation",
  • Les "variant under investigation" (VUI), qu'on pourrait traduire comme "variants à l'étude",
  • Les "variant of concern" (VOC), ou "variants d'intérêt", les plus importants.

Au début du mois de juin 2021, l'OMS a par ailleurs indiqué dans un communiqué avoir renommé les variants les plus préoccupants avec des lettres grecques (Alpha, Bêta, Gamma, Delta...) pour éviter de stigmatiser les pays où ces derniers avaient été séquencés pour la première fois (Royaume-Uni, Afrique-du-Sud, Brésil, Inde...). Les principaux sont présentés plus haut dans cet article. Le variant britannique, appelé VOC-202012/01 ou B.1.1.7, est devenu dominant en début d'année 2021. C'est désormais le variant Delta (ou indien), VOC 20H/501Y.V2 ou B.1.351, qui est en passe de devenir archi-dominant.

Plusieurs mutations traquées

Les variants les plus préoccupants à ce jour sont le résultat de mutations importantes du coronavirus qui elles aussi sont répertoriées. Une des mutations communes à au moins trois variants, au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil, a beaucoup fait parler : la mutation N501Y, touchant la protéine Spike, que le virus utilise pour s'attacher aux cellules et y pénétrer. En France, alors que le variant Alpha est déclinant et que d'autres variants demandent une surveillance accrue, une évolution de la stratégie de criblage de Santé publique France consiste, depuis début juin 2021, à rechercher plusieurs autres "mutations d'intérêt" : les mutations E484K, E484Q et L452R. "Les mutations E484K, E484Q et L452R ont été sélectionnées car elles sont associées à une possible augmentation de transmissibilité (L452R) ou à un possible échappement immunitaire (L452R, E484K et E484Q)", écrit notamment l'agence de santé française sur son site Internet.

  • La mutation E484K serait propre aux variants sud-africain et brésilien (Bêta et Gamma) à l'origine, mais a été depuis "combinée" au variant Alpha dit "britannique" et à d'autres variants.
  • La mutation E484Q est associée à des variantes très rares, affectant le même acide aminé que la mutation E484K, et observées notamment en Bretagne ou dans les Hauts-de-France, ou chez un variant indien minoritaire (le variant B.1.617.1 ou Kappa).
  • La mutation L452R, enfin, préoccupe les autorités car elle est commune aux différents variants indiens du Covid (B.1.617.1 ou Kappa et B.1.617.2 ou Delta) et est associée à une transmissibilité encore accrue du virus.