Variant du Covid en France : où circule le plus le variant anglais ? (carte)

Variant du Covid en France : où circule le plus le variant anglais ? (carte) VARIANT COVID. L'épidémie de Covid-19 se transforme en France, le variant anglais est désormais majoritaire sur le territoire, avec des disparités en fonction des départements.

[Mis à jour le 26 février 2021 à 11h03] Le variant anglais du coronavirus est majoritaire en France : étant plus contagieux, il prend la place, de manière accélérée désormais, de la souche historique du Covid-19. Il représentait fin février 53% des cas positifs, a annoncé le directeur général de la Santé et infectiologue Jérôme Salomon, le 28 février dans les colonnes du Journal du dimanche. Rappelons que début janvier, ce variant ne représentait que 3% des cas de contamination détectés.

Le ministère de la Santé donne des chiffres plus détaillés. Le dernier point épidémiologique publié par Santé publique France jeudi 25 février notait bien ce point de bascule dans la circulation des variants du Covid-19 en France. La semaine 07 (15-21 février 2021) analysée dans ce point épidémiologique faisait remonter 50,8% de tests positifs ayant fait l'objet d'un criblage et donc suspectés d'être porteurs d'une contamination à l'un des variants.

Parmi ces tests positifs criblés, 49,3% correspondaient à une suspicion de variant 20I/501Y.V1 (UK) et 5,6% à une suspicion de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR). Si l'on observe peu de différences selon les classes d'âges, des disparités existent en termes géographiques. Parmi les 95 départements métropolitains présentant des données interprétables, 70 affichaient une proportion supérieure à 30% de suspicions du variant d'origine britannique, dont 33 avec une proportion supérieure à 50%. Concernant les variants sud-africain et brésilien, 11 départements comptent désormais une proportion supérieure à 10% de suspicions de contaminations.

Ces nouvelles données officielles confirment les informations révélées cette semaine par le JDD, qui a eu accès à des données encore confidentielles. Ces données montrent que le variant britannique est majoritaire dans trois régions : en Île-de-France, dans les Hauts de France et en Bretagne. Le journal donne sensiblement les mêmes estimations que celles fournies plus bas sur cette page, mais communique des chiffres nettement plus précis. Ils permettent notamment d'établir un classement des 15 départements les plus touchés par le variant, avec la proportion de suspicion de variant anglais parmi les tests de criblage positif, en pourcentage, du 11 au 17 février.

Combien y a-t-il de cas de variants du Covid en France ?

Santé publique France a donc recensé, entre le 15 et le 21 février, 40 444 suspicions de variant anglais et 4 610 suspicions de variant sud-africain ou brésilien. Mais ces chiffres ne sont pas encore exhaustifs. Le nombre total de cas touchés par un de ces variants sur le territoire est toujours inconnu, les tests positifs au coronavirus étant loin d'être tous séquencés, autrement dit analysés en laboratoire pour détecter la souche exacte à l'origine de l'infection. Si on regroupe les différentes estimations réalisées depuis début janvier par différents acteurs, on peut néanmoins constater une progression rapide depuis le premier cas du variant britannique répertorié en France le 23 décembre. Il s'agissait d'un Français résident en Angleterre et de passage à Tours pour les fêtes.

Estimations de la part de variants parmi les cas positifs (données consolidées)

Date  Variant UK Variants ZA et BR Variants UK, ZA et BR Source
8/01/2021 3,3%     Enquête "Flash#1" (point épidémio. du 28 janvier)
27/01/2021 13,2%   17,5% Enquête "Flash#2" (point épidémio. du 11 février)
5/02/2021 19% 2,3% 21% Document de l'Assurance maladie (Le Figaro)
7/02/2021 14,9% 1,4%   Laboratoire Biogroup (site Internet)
11/02/2021 20 à 25% 4 à 5%   Conférence de presse d'Olivier Véran (vidéo)
14/02/2021 36% 5%   Données SI-DEP (point épidémio. du 18 février / semaine 6)
15/02/2021 35% 3 à 4%   Laboratoire Cerba (PDG sur France Info)
25/02/2021 49,3% 5,6% 50,8% Données SI-DEP (point épidémiologique 25/02)

La circulation des variants du coronavirus a évolué  de manière soutenue sur le territoire français, passant d'une fourchette de "200 à 300" cas par jour pour le variant britannique (UK) début janvier à beaucoup plus aujourd'hui selon les différentes déclarations du ministre de la Santé. Si on extrapole les dernières estimations de Jean Castex en conférence de presse le 25 février, qui a affirmé que près de la moitié des cas de contaminations recensés chaque jour en France relevait du variant anglais, on peut estimer à entre 10 000 et 15 000 le nombre de nouveaux cas de variant anglais quotidiens.

Quelles sont les régions les plus touchées par les variants du Covid ?

Dans le point épidémiologique hebdomadaire du 25 février, Santé publique France indique qu'en semaine 7, 70 départements "affichaient une proportion supérieure à 30% de suspicions de variant 20I/501Y.V1 (UK), dont 33 avec une proportion supérieure à 50%. Cette proportion était comprise entre 10% et 30% pour les 25 départements restants". 11 départements comptaient en semaine 07 une proportion supérieure à 10% de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR). Cette proportion était particulièrement élevée en Moselle (53,7%), Meurthe-et-Moselle (26,7%) et dans la Meuse (21,6%). Dans l'ensemble, les régions les plus touchées par les variants du Covid-19 sont la Bretagne, l'Ile-de-France et les Hauts-de-France.

Ces estimations régionales ou départementales sont néanmoins à interpréter avec beaucoup de précautions. Elles sont à ce stade basées sur des échantillons de tests plus ou moins larges selon la zone géographie et, surtout, non représentatifs. Ces échantillons peuvent en outre être biaisés quand ils comportent des tests réalisés dans des clusters. Si un cluster relié à un variant a été massivement testé et que ces tests ont été intégrés à un échantillon, alors la part du variant sera artificiellement gonflée.

Cartes des variants du Covid en France

Nous présentons ci-dessous les cartes établies à partir des données de Santé publique France concernant la circulation des variants du Covid dans le pays. Les deux premières ont été publiées dans le point épidémiologique hebdomadaire du 25 février et son basées sur les tests de criblage positifs de la base SI-DEP. La troisième avait été dévoilée le 11 février et est issue des données de l'enquête Flash des 26 et 27 janvier :

• Carte du variant 20I/501Y.V1 (UK) par département (25 février 2021)

Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20I/501Y.V1 (UK) parmi les tests de criblage positifs, par département, France (données au 25 février 2021) © Santé publique France

• Carte du variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) par département (25 février 2021)

Carte variant sud-africain ou brésilien en France
Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) parmi les tests de criblage positifs, par département, France (données au 25 février 2021) © Santé publique France
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Quelle est la situation en Ile-de-France concernant les variants ?

Le variant britannique du Covid-19 serait notamment en train de se répandre à un rythme soutenu en Ile-de-France. Une fois encore, faute de données complètes et exhaustives à ce stade, ce sont les estimations des autorités (basées sur l'enquête Flash notamment), de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), des labos et les chiffres relayés dans les médias qui donnent la mesure de leur propagation :

  • Le mardi 26 janvier, une analyse de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), relayée par l'AFP indiquait que le variant VOC 202012/01, aussi appelé B.1.1.7, avoisinait alors les 10% des cas dépistés en région parisienne. L'étude s'est basée sur 1080 tests PCR positifs, réalisés entre le 11 et le 21 janvier dans huit sites de dépistage franciliens. Dans cet échantillon, ce sont très exactement 9,4% des tests positifs qui ont révélé le variant britannique, selon Anne-Geneviève Marcelin, virologue à la Pitié-Salpêtrière, qui s'est exprimée lors d'une conférence de presse.
  • Le mardi 2 février, le Pr Rémi Salomon, président de la commission médicale de l'AP-HP, indiquait pour sa part sur France Info que les variants représentaient alors 15 à 20% des nouveaux cas détectés à Paris et dans l'ensemble de la région capitale, soit une nouvelle progression par rapport aux données du 26 janvier. Evoquant une "circulation très intense du virus", Rémi Salomon estimait que les derniers résultats n'étaient "pas bons" et laissaient augurer "une croissance exponentielle". "On était plutôt aux alentours de 6% le 7 janvier et on est monté à 15-20% la semaine dernière", a-t-il ainsi alerté sur la station de radio, prédisant une "accélération de l'épidémie".
  • Le lundi 8 février, dans Le Parisien, Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses hôpital de Tenon à Paris, indiquait que 18 foyers de contaminations au Covid-19 avaient été recensés en janvier rien que dans 5 établissements de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris. Le mercredi 10 février, il s'est de nouveau alarmé de la situation sur BFMTV. "On a une poussée incroyable du variant anglais en Île-de-France. On est autour de 39% de nouvelles contaminations liées au variant anglais. On a des clusters de variant anglais en IDF, mélangeant soignants et soignés."
  • Le mercredi 10 février, Bruno Lina, infectiologue et membre du Conseil scientifique, a quant à lui estimé sur France Inter que "l'Île-de-France était la région dans laquelle la circulation de ce variant anglais est la plus importante. Il représente aujourd'hui 30 à 35% du virus, en Normandie, ils sont environ autour de 10% seulement".
  • Le vendredi 12 février, en dévoilant ses estimations pour la semaine du 1er at 7 février (lire ci-dessus), le laboratoire Biogroup a estimé que l'Ile-de-France était la région la plus touchée par le variant anglais avec des taux allant de 40,5% à Paris jusqu'à 53,9% dans les Yvelines.
  • Le lundi 15 février, en commentant ses chiffres sur France Info, Sylvie Cado, PDG du laboratoire Cerba, a pour sa part estimé à environ 40% à 45% le variant anglais dans la région parisienne.
  • Le jeudi 18 février, dans le point épidémiologique hebdomadaire, Santé publique France chiffrait le variant britannique entre 30 et 50% des tests positifs dans la quasi-totalité des départements franciliens et à plus de 50% dans les Hauts-de-Seine.
  • Le lundi 22 février, le directeur de l'AH-HP, a indiqué sur France Inter qu'"entre 45% et 50%" des patients hospitalisés pour Covid ont développé la souche britannique de la maladie.

Les projections de l'Inserm

Une étude de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), publiée sur le site de son laboratoire EPIcx lab (Epidemics in complex environments) le 19 janvier, a modélisé l'évolution du Covid en France en y intégrant l'impact du variant britannique (VOC-202012/01). Les chercheurs de l'Inserm estiment eux aussi que ce dernier pourrait devenir dominant entre fin février et mi-mars et provoquer un nouveau pic d'hospitalisations dans le pays. Interrogée par Le Monde le 16 janvier, l'épidémiologiste Vittoria Colizza, signataire de l'étude, avait déjà alerté sur l'aggravation prochaine de la situation épidémique. "La situation va rapidement devenir assez critique. Etant donné que ce variant est plus contagieux, il pourrait devenir dominant dès le mois de mars", avertissait la directrice de recherche à l'Inserm.

Dans un nouveau rapport daté du 14 février et alimenté par de nouvelles données, Vittoria Colizza et l'Inserm ont confirmé leurs projections : "Le variant britannique est attendu devenir majoritaire début mars en France, avec une grande hétérogénéité géographique (mi-février en Île-de-France). Dans l'absence de mesures de contrôle renforcée, une croissance rapide des cas est attendue dans les semaines à venir", écrivent ses auteurs. Ils indiquent aussi que les mesures prises depuis le mois de janvier ont permis d'obtenir pour l'instant un "recul de la souche historique (celle en circulation avant l'arrivé du variant)", mais que ce recul est contrebalancé par "la croissance rapide du variant britannique". En résulte "un équilibre", permettant notamment une stabilisation des hospitalisations. L'explosion de ce "plateau" dans les prochains jours est clairement esquissée dans le document. Une analyse répétée lors de la conférence de presse gouvernementales du 18 février.

Mais la circulation de cette nouvelle souche du Covid en France semble en tout cas difficile à évaluer avec précision. Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses a indiqué dès la fin 2020 dans Libération que la France était un mauvais élève dans le séquençage de la maladie. "La France a partagé environ 2 500 séquences contre 123 000 pour le Royaume-Uni", expliquait-il alors dans le quotidien. Un retard dans les capacités de séquençage et de lourds problèmes d'organisation ont aussi été pointés dans Le Figaro et Le Parisien fin janvier. 

Quelles sont les mesures en France contre les variants du Covid ?

En début d'année, les restrictions aux frontières se sont durcies. Depuis le 24 janvier, un tests PCR est exigé à tous les voyageurs en provenance de l'espace européen avant leur entrée en France. Ce test doit être réalisé 72 heures avant le départ. Seuls les "voyages essentiels" sont exemptés, en somme, pour l'essentiel, les trajets en voiture des travailleurs frontaliers. Jean Castex a confirmé cette mesure le 29 janvier et annoncé que pour les voyageurs venant d'un pays extérieur à l'espace européen, l'entrée sur le territoire était en revanche interdite, sauf motif impérieux.

Des mesures barrières renforcées

Le ministère de la Santé Olivier Véran a en outre annoncé le 21 janvier que la distance d'un mètre jusqu'alors préconisée dans la liste des gestes barrières à adopter devait passer à 2 mètres, compte tenu de la forte contagiosité du variant. Une "note" urgente de la Direction générale de la Santé envoyée le dimanche 7 février à tous les professionnels de santé de France a ajouté de nouvelles mesures : un test antigénique ou PCR positif doit désormais "obligatoirement" faire l'objet d'un second prélèvement de criblage , dans un délai de 36 heures maximum, pour déterminer la souche à l'origine de la contamination. Un isolement de dix jours était aussi requis. Olivier Véran a annoncé le 18 février que "la durée de l'isolement pour les personnes dont un test de diagnostic est positif passera de 7 à 10 jours. Elle restera en revanche de 7 jours pour les cas contacts". 

Dans les écoles, au premier cas reliés à un variant (y compris un cas contact), la fermeture de la classe a été rendue automatique de manière éphémère, avant un retour en arrière. Le ministre de l'Education a finalement décidé d'assouplir cette règles après une semaine à peine d'application : "La conduite à tenir autour d'un cas confirmé de la variante britannique est la même que pour le cas général", est-il désormais écrit sur le site du ministère, soit un fermeture de classe à partir de trois cas. La fermeture anticipée peut encore "être envisagée" après "analyse locale concernant la circulation de cette variante sur le territoire". Les variants sud-africain et brésilien font en revanche toujours l'objet d'une fermeture immédiate. Par ailleurs, depuis le 8 février, les masques faits maison ont été explicitement interdits dans les écoles. Les enfants doivent se présenter en classe avec des masques de niveau 1.

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