Variant du Covid en France : des chiffres détaillés sur le variant anglais (carte)

Variant du Covid en France : des chiffres détaillés sur le variant anglais (carte) VARIANT COVID. L'épidémie de coronavirus en France évolue considérablement à cause de la progression des variants, essentiellement le variant britannique. Le point sur les derniers chiffres.

[Mis à jour le 25 février 2021 à 19h52] Dernière info - Des données du JDD. Les variants du Covid ont changé la donne en France : les autorités parlent depuis des semaines de "nouvelle épidémie", tant les mutations créent de nouveaux déséquilibres et des flambées virales, très circonscrits localement pour l'instant. Les données complètes, quotidiennes et précises analysées par le ministère de la Santé ne sont hélas pas rendues publiques, même si des points hebdomadaires permettent d'avoir une photographie de la situation chaque semaine (voir plus bas). Ce que l'on sait avec certitude, c'est que le variant britannique progresse à grande vitesse, cette souche est en train de prendre la place de l'historique. Selon le JDD, qui a eu accès à des données encore confidentielles, ce variant est même déjà majoritaire dans trois régions : en Île-de-France, dans les Hauts de France et en Bretagne.

Le journal donne sensiblement les mêmes estimations que celles fournies plus bas sur cette page, mais communique des chiffres nettement plus précis. Ils permettent notamment d'établir un classement des 15 départements les plus touchés par le variant, avec la proportion de suspicion de variant anglais parmi les tests de criblage positif, en pourcentage, du 11 au 17 février.

Départements les plus touchés par le variant anglais 
Département % de variant anglais (suspicion sur tests de criblage positif)
Haute-Corse 79,51%
Eure 70%
Indre-et-Loire 68,75%
Morbihan 66,28%
Hauts-de-Seine 62,66%
Ile-et-Vilaine 60,58%
Haute-Garonne 60,37%
Corse-du-Sud 58,49%
Seine-et-Marne 58,08%
Nord 57,77%
Pas-de-Calais 57,6%
Seine-Saint-Denis 56,1%
Val d'Oise 55,84%
Val-de-Marne 55,39%
Aube 54,95%

Le variant dominant partout très bientôt

Jeudi 18 février 2021, Santé publique France a dévoilé dans son point épidémiologique hebdomadaire ses données sur la circulation du variant 20I/501Y.V1 (autrement dit le variant anglais) et des variants 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien). Selon l'agence de santé française, en semaine 6, soit du 8 au 14 février 2021, la souche détectée initialement au Royaume-Uni représentait 36% des contaminations sur le territoire, tandis que les variants sud-africain ou brésilien s'élevaient à 5% des nouveaux cas de coronavirus.

Ces estimations sont basées sur "148 880 tests de première intention positifs (test RT-PCR et antigéniques)" dont 45% étaient "associés à un test de criblage (soit 66 191 tests positifs criblés)", indiquent les autorités sanitaires. Ce sont ces 66 191 tests positifs "criblés" qui ont fait émerger 36% de "suspicion de variant 20I/501Y.V1 (UK)", soit 23 888 cas. On dénombre à cette date également 3 338 cas reliés à une "suspicion de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR)". Précision intéressante de Santé publique France : "La plus forte proportion de suspicions de variant 20I/501Y.V1 (UK) était observée chez les 0-9 ans (44,6%) puis chez les 30-39 ans (40,8%). Cette proportion diminuait ensuite avec l'âge pour atteindre 20,3% chez les 90 ans et plus". De quoi laisser entendre que le variant britannique serait plus susceptible de toucher les enfants ?

Le ministre de la Santé, jeudi dernier, a fait part des nombreuses incertitudes qui perdurent sur le sujet en conférence de presse : "Force est de constater qu'un fort taux de variants ne s'accompagne pas toujours - en tout cas pas au début - d'une augmentation du nombre de contaminations et l'honnêteté m'oblige à vous dire que pour l'heure, nous ne savons pas l'expliquer", a notamment déclaré Olivier Véran. Vittoria Colizza, épidémiologiste à l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), venue présenter ses modélisations sur le variant anglais lors de ce point de situation, a indiqué que ce le variant anglais, ou B.1.1.7, pourrait devenir dominant dès le début du mois de mars et provoquer un rebond de l'épidémie de Covid-19 dans le pays.

Un effet du variant anglais sur le taux d'incidence

Les données récentes témoignent bien de l'impact du variant anglais sur la circulation de l'épidémie. Comme le montre ce graphique réalisé par Météo-Covid, on note très clairement une variation du taux d'incidence en fonction de la présence plus ou moins significative du variant anglais sur un département.

Combien y a-t-il de cas de variants du Covid en France ?

Santé publique France a donc recensé, entre le 8 et le 14 février, 23 888 suspicions de variant anglais et 3 338 suspicions de variant sud-africain ou brésilien. Mais ces chiffres ne sont pas encore exhaustifs. Le nombre total de cas touchés par un de ces variants sur le territoire est toujours inconnu, les tests positifs au coronavirus étant loin d'être tous séquencés, autrement dit analysés en laboratoire pour détecter la souche exacte à l'origine de l'infection. Si on regroupe les différentes estimations réalisées depuis début janvier par différents acteurs, on peut néanmoins constater une progression rapide depuis le premier cas du variant britannique répertorié en France le 23 décembre. Il s'agissait d'un Français résident en Angleterre et de passage à Tours pour les fêtes :

Estimations de la part de variants parmi les cas positifs

Date  Variant UK Variants ZA et BR Variants UK, ZA et BR Source
8/01/2021 3,3%     Enquête "Flash#1" (point épidémio. du 28 janvier)
27/01/2021 13,2%   17,5% Enquête "Flash#2" (point épidémio. du 11 février)
5/02/2021 19% 2,3% 21% Document de l'Assurance maladie (Le Figaro)
7/02/2021 14,9% 1,4%   Laboratoire Biogroup (site Internet)
11/02/2021 20 à 25% 4 à 5%   Conférence de presse d'Olivier Véran (vidéo)
14/02/2021 36% 5%   Données SI-DEP (point épidémio. du 18 février / semaine 6)
15/02/2021 35% 3 à 4%   Laboratoire Cerba (PDG sur France Info)

La circulation des variants du coronavirus a évolué  de manière soutenue sur le territoire français, passant d'une fourchette de "200 à 300" cas par jour pour le variant britannique (UK) début janvier à beaucoup plus aujourd'hui selon les différentes déclarations du ministre de la Santé. Si on extrapole les dernières estimations d'Olivier Véran en conférence de presse le 18 février (36% pour le variant britannique, 5% pour les variant sud-africain et brésilien), ce seraient même entre 7000 et 7500 nouveaux cas environ qui seraient aujourd'hui concernés chaque jour par le variant britannique et jusqu'à un millier par le variant sud-africain (ZA) ou le variant brésilien (BR).

Quels sont les régions les plus touchés par les variants du Covid ?

Dans le point épidémiologique hebdomadaire du 18 février, Santé publique France indique qu'en semaine 6, "40 départements présentaient une proportion supérieure à 30% de suspicions de variant 20I/501Y.V1 (UK), dont 12 départements avec une proportion supérieure à 50%" : Aube, Eure, Eure-et-Loir, Haute-Corse, Hauts-de-Seine, Ille-et-Vilaine, Indre-et-Loire, Morbihan, Nord, Var et Vienne. "Cette proportion était comprise entre 10% et 30% pour 44 départements et inférieure à 10% pour dix départements. Huit départements présentaient une proportion supérieure à 10% de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR), dont un département – la Moselle – où cette proportion était de 40%".

Ces estimations régionales ou départementales sont néanmoins à interpréter avec beaucoup de précautions. Elles sont à ce stade basées sur des échantillons de tests plus ou moins larges selon la zone géographie et, surtout, non représentatifs. Ces échantillons peuvent en outre être biaisés quand ils comportent des tests réalisés dans des clusters. Si un cluster relié à un variant a été massivement testé et que ces tests ont été intégrés à un échantillon, alors la part du variant sera artificiellement gonflée.

Cartes des variants du Covid en France

Nous présentons ci-dessous les cartes établies à partir des données de Santé publique France concernant la circulation des variants du Covid dans le pays. Les deux premières ont été publiées dans le point épidémiologique hebdomadaire du 18 février et son basées sur les tests de criblage positifs de la base SI-DEP. La troisième avait été dévoilée une semaine avant, le 11 février, et est issue des données de l'enquête Flash des 26 et 27 janvier :

• Carte du variant 20I/501Y.V1 (UK) par département (17 février 2021)

Carte variant anglais
Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20I/501Y.V1 (UK) parmi les tests de criblage positifs, par département, France (données au 17 février 2021) © Santé publique France

• Carte du variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) par département (17 février 2021)

Carte variant sud-africain ou brésilien en France
Proportion de suspicion de variant d’intérêt 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) parmi les tests de criblage positifs, par département, France (données au 17 février 2021) © Santé publique France

• Carte des variants issue de l'enquête "Flash" par région (26 et 27 janvier)

 

Si vous ne voyez pas la carte cliquez ici.

Résultats préliminaires de l'enquête Flash #2, 27 janvier 2021, France

Région Criblage TFS
(variant anglais uniquement)
Criblage N501Y
(variants anglais, sud-africain et brésilien)
Bretagne 0,00% 37,3%
Centre-Val de Loire 6,60% 28,7%
Grand Est 14,2% 23,70%
Île-de-France 20,3% 22,2%
Pays de la Loire 0,00% 15,8%
Normandie 4,60% 12,4%
Hauts de France 24,6% 11,8%
Occitanie 20,1% 11,4%
Provence-Alpes-Côte d'Azur 4,2% 11,20%
Bourgogne-Franche-Comté 7% -%
Auvergne-Rhône-Alpes 4,2 14%
Nouvelle Aquitaine 12,6% 12%
Corse    
Total 13,2% 17,5%

Précisions :

  • L'enquête "Flash" a été proposée à tous les laboratoires de biologie médicale (LBM) publics et privés par le CNR Virus des infections respiratoires (Laboratoire associé de Lyon, Pr Bruno Lina) et Santé publique France, en collaboration avec un réseau de virologues hospitaliers coordonné par l'ANRS Maladies Infectieuses Émergentes. 234 laboratoires répartis sur 15 régions de France métropolitaine et d'outre-mer ont participé à la seconde vague (26 et 27 janvier) pour un total de 119 333 prélèvements RT-PCR, dont 10 152 positifs (taux de positivité = 8,5%).
  • Alors que les premiers résultats préliminaires de cette étude, remontant au 27 janvier, chiffraient la part des variants à au moins de 14% des tests positifs, cette actualisation affiche cette fois 13,2% de suspicions de variants 20I/501Y.V1 (UK) pour 87 laboratoires utilisant un criblage par technique TFS et 17,5% de suspicions de variants 20I/501Y.V1 (UK) ou 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) pour 136 laboratoires utilisant un criblage par RT-PCR spécifique recherchant la mutation N501Y (source : point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France, le 11 février 2021).
  • "Les résultats de cette deuxième enquête Flash doivent encore être consolidés : ils seront communiqués dès que l'ensemble des données et résultats de séquençage seront disponibles et validés", précise Santé publique France qui prévient que "ces résultats préliminaires sont difficiles à comparer avec ceux de l'enquête Flash#1, mais confirment l'hétérogénéité régionale de la diffusion de ces variants et une augmentation de leur prévalence dans l'ensemble des régions pour lesquelles les résultats sont interprétables".
  • La part des variants peut, par endroits, être artificiellement gonflée quand les tests ont été menés dans des clusters. C'est vraisemblablement le cas en Bretagne, où un cluster à risque a été mentionné dès le début du mois de janvier.
  • Compte tenu de faibles effectifs (nombre de laboratoires participants et/ou nombre de RT-PCR criblées incluses dans l'analyse), les résultats ne sont pas mentionnés pour la Corse.
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Quelle est la situation en Ile-de-France concernant les variants ?

Le variant britannique du Covid-19 serait notamment en train de se répandre à un rythme soutenu en Ile-de-France. Une fois encore, faute de données complètes et exhaustives à ce stade, ce sont les estimations des autorités (basées sur l'enquête Flash notamment), de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), des labos et les chiffres relayés dans les médias qui donnent la mesure de leur propagation :

  • Le mardi 26 janvier, une analyse de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), relayée par l'AFP indiquait que le variant VOC 202012/01, aussi appelé B.1.1.7, avoisinait alors les 10% des cas dépistés en région parisienne. L'étude s'est basée sur 1080 tests PCR positifs, réalisés entre le 11 et le 21 janvier dans huit sites de dépistage franciliens. Dans cet échantillon, ce sont très exactement 9,4% des tests positifs qui ont révélé le variant britannique, selon Anne-Geneviève Marcelin, virologue à la Pitié-Salpêtrière, qui s'est exprimée lors d'une conférence de presse.
  • Le mardi 2 février, le Pr Rémi Salomon, président de la commission médicale de l'AP-HP, indiquait pour sa part sur France Info que les variants représentaient alors 15 à 20% des nouveaux cas détectés à Paris et dans l'ensemble de la région capitale, soit une nouvelle progression par rapport aux données du 26 janvier. Evoquant une "circulation très intense du virus", Rémi Salomon estimait que les derniers résultats n'étaient "pas bons" et laissaient augurer "une croissance exponentielle". "On était plutôt aux alentours de 6% le 7 janvier et on est monté à 15-20% la semaine dernière", a-t-il ainsi alerté sur la station de radio, prédisant une "accélération de l'épidémie".
  • Le lundi 8 février, dans Le Parisien, Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses hôpital de Tenon à Paris, indiquait que 18 foyers de contaminations au Covid-19 avaient été recensés en janvier rien que dans 5 établissements de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris. Le mercredi 10 février, il s'est de nouveau alarmé de la situation sur BFMTV. "On a une poussée incroyable du variant anglais en Île-de-France. On est autour de 39% de nouvelles contaminations liées au variant anglais. On a des clusters de variant anglais en IDF, mélangeant soignants et soignés."
  • Le mercredi 10 février, Bruno Lina, infectiologue et membre du Conseil scientifique, a quant à lui estimé sur France Inter que "l'Île-de-France était la région dans laquelle la circulation de ce variant anglais est la plus importante. Il représente aujourd'hui 30 à 35% du virus, en Normandie, ils sont environ autour de 10% seulement".
  • Le vendredi 12 février, en dévoilant ses estimations pour la semaine du 1er at 7 février (lire ci-dessus), le laboratoire Biogroup a estimé que l'Ile-de-France était la région la plus touchée par le variant anglais avec des taux allant de 40,5% à Paris jusqu'à 53,9% dans les Yvelines.
  • Le lundi 15 février, en commentant ses chiffres sur France Info, Sylvie Cado, PDG du laboratoire Cerba, a pour sa part estimé à environ 40% à 45% le variant anglais dans la région parisienne.
  • Le jeudi 18 février, dans le point épidémiologique hebdomadaire, Santé publique France chiffrait le variant britannique entre 30 et 50% des tests positifs dans la quasi-totalité des départements franciliens et à plus de 50% dans les Hauts-de-Seine.
  • Le lundi 22 février, le directeur de l'AH-HP, a indiqué sur France Inter qu'"entre 45% et 50%" des patients hospitalisés pour Covid ont développé la souche britannique de la maladie.

Quand le variant du Covid sera-t-il dominant en France ?

Selon les différentes projections les variants du coronavirus devraient devenir majoritaires en France d'ici la fin du mois de février ou le début du mois de mars. "Le variant deviendra majoritaire autour du 1er mars", a assuré le Professeur Arnaud Fontanet , membre du Conseil scientifique, dans les colonnes du Journal du Dimanche le 7 février. Il a reformulé ses inquiétudes sur BFMTV le lendemain : mars et avril s'annoncent selon lui comme "deux mois difficiles" car le variant anglais notamment va "dicter la marche à suivre". Son confrère Bruno Lina a livré la même estimation sur France inter le 10 février. Selon lui, le variant anglais sera dominant "entre le 1er et le 15 mars". Dans le JDD toujours, Philippe Amouyel, professeur de santé publique au CHU de Lille, et Luc Dauchet, maître de conférence en santé publique au même CHU, ont dévoilé une modélisation réalisée à partir des deux enquêtes Flash menées au mois de janvier. Selon eux, 2000 patients pourraient être hospitalisés quotidiennement à la mi-février si le variant britannique poursuit sa propagation. Philippe Amouyel indique que le plateau élevé de cas de contamination et d'hospitalisations constaté actuellement "va durer probablement un petit peu au-delà de la mi-février" mais "dès la fin du mois ou début mars, le démarrage extrêmement rapide du nouveau variant va prendre le dessus".

Plusieurs autres scientifiques estiment que la part du variant du Covid dans l'ensemble des tests positifs réalisés en France chaque jour pourrait rapidement franchir les 50%. Le nombre de cas du variant britannique pourrait même atteindre jusqu'à 26 394 par jour au 1er mars, a pour sa part estimé une équipe de l'Institut Pasteur pilotée par Simon Cauchemez, épidémiologiste et membre du conseil scientifique à partir des toutes premières données disponibles en janvier.

Les projections de l'Inserm

Une étude de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), publiée sur le site de son laboratoire EPIcx lab (Epidemics in complex environments) le 19 janvier, a modélisé l'évolution du Covid en France en y intégrant l'impact du variant britannique (VOC-202012/01). Les chercheurs de l'Inserm estiment eux aussi que ce dernier pourrait devenir dominant entre fin février et mi-mars et provoquer un nouveau pic d'hospitalisations dans le pays. Interrogée par Le Monde le 16 janvier, l'épidémiologiste Vittoria Colizza, signataire de l'étude, avait déjà alerté sur l'aggravation prochaine de la situation épidémique. "La situation va rapidement devenir assez critique. Etant donné que ce variant est plus contagieux, il pourrait devenir dominant dès le mois de mars", avertissait la directrice de recherche à l'Inserm.

Dans un nouveau rapport daté du 14 février et alimenté par de nouvelles données, Vittoria Colizza et l'Inserm ont confirmé leurs projections : "Le variant britannique est attendu devenir majoritaire fin février-début mars en France, avec une grande hétérogénéité géographique (mi-février en Île-de-France). Dans l'absence de mesures de contrôle renforcée, une croissance rapide des cas est attendue dans les semaines à venir", écrivent ses auteurs. Ils indiquent aussi que les mesures prises depuis le mois de janvier ont permis d'obtenir pour l'instant un "recul de la souche historique (celle en circulation avant l'arrivé du variant)", mais que ce recul est contrebalancé par "la croissance rapide du variant britannique". En résulte "un équilibre", permettant notamment une stabilisation des hospitalisations. L'explosion de ce "plateau" dans les prochains jours est clairement esquissée dans le document. Une analyse répétée lors de la conférence de presse gouvernementales du 18 février.

Mais la circulation de cette nouvelle souche du Covid en France semble en tout cas difficile à évaluer avec précision. Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses a indiqué dès la fin 2020 dans Libération que la France était un mauvais élève dans le séquençage de la maladie. "La France a partagé environ 2 500 séquences contre 123 000 pour le Royaume-Uni", expliquait-il alors dans le quotidien. Un retard dans les capacités de séquençage et de lourds problèmes d'organisation ont aussi été pointés dans Le Figaro et Le Parisien fin janvier. 

Quelles sont les mesures en France contre les variants du Covid ?

Preuve que le variant anglais du coronavirus préoccupe au sommet de l'Etat, la France a choisi de fermer sa frontière aux déplacements avec le Royaume-Uni pour 48 heures dès le dimanche 20 décembre, afin de se prémunir au maximum d'une contamination sur son sol. Une reprise limitée du flux des personnes du Royaume-Uni vers la France a toutefois été annoncée à l'issue de ces 48 heures.

En début d'année, les restrictions aux frontières se sont encore durcies. Depuis le 24 janvier, un tests PCR est exigé à tous les voyageurs en provenance de l'espace européen avant leur entrée en France. Ce test doit être réalisé 72 heures avant le départ. Seuls les "voyages essentiels" sont exemptés, en somme, pour l'essentiel, les trajets en voiture des travailleurs frontaliers. Jean Castex a confirmé cette mesure le 29 janvier et annoncé que pour les voyageurs venant d'un pays extérieur à l'espace européen, l'entrée sur le territoire était en revanche interdite, sauf motif impérieux.

Des mesures barrières renforcées

Le ministère de la Santé Olivier Véran a en outre annoncé le 21 janvier que la distance d'un mètre jusqu'alors préconisée dans la liste des gestes barrières à adopter devait passer à 2 mètres, compte tenu de la forte contagiosité du variant. Une "note" urgente de la Direction générale de la Santé envoyée le dimanche 7 février à tous les professionnels de santé de France a ajouté de nouvelles mesures : un test antigénique ou PCR positif doit désormais "obligatoirement" faire l'objet d'un second prélèvement de criblage , dans un délai de 36 heures maximum, pour déterminer la souche à l'origine de la contamination. Un isolement de dix jours était aussi requis. Olivier Véran a annoncé le 18 février que "la durée de l'isolement pour les personnes dont un test de diagnostic est positif passera de 7 à 10 jours. Elle restera en revanche de 7 jours pour les cas contacts". 

Dans les écoles, au premier cas reliés à un variant (y compris un cas contact), la fermeture de la classe a été rendue automatique de manière éphémère, avant un retour en arrière. Le ministre de l'Education a finalement décidé d'assouplir cette règles après une semaine à peine d'application :  "La conduite à tenir autour d'un cas confirmé de la variante britannique est la même que pour le cas général", est-il désormais écrit sur le site du ministère, soit un fermeture de classe à partir de trois cas. La fermeture anticipée peut encore "être envisagée" après "analyse locale concernant la circulation de cette variante sur le territoire". Les variants sud-africain et brésilien font en revanche toujours l'objet d'une fermeture immédiate. Par ailleurs, depuis le 8 février, les masques faits maison ont été explicitement interdits dans les écoles. Les enfants doivent se présenter en classe avec des masques de niveau 1.

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