Variant du Covid en France : environ 80% de variant anglais, la carte de la propagation

Variant du Covid en France : environ 80% de variant anglais, la carte de la propagation VARIANT COVID. Selon le dernier point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France, le variant anglais du Covid représentait près de 80% des nouveaux cas détectés en France en semaine 12, soit du 22 au 28 mars. Emmanuel Macron a repris à son compte l'idée "d'épidémie dans l'épidémie"...

[Mis à jour le 1er avril 2021 à 23h51] C'est bien "une épidémie dans l'épidémie". Dans son allocution du mercredi 31 mars, Emmanuel Macron a repris les propos tenus il y a plusieurs semaines déjà par le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy et répétés par le ministre de la Santé Olivier Véran depuis. Avec le variant anglais du Covid-19, c'est bien un nouveau combat qui a été lancé depuis le début de l'année contre le coronavirus et qui réclame désormais de nouvelle restrictions. Alors que le nombre de nouveaux cas explose et que la situation des hôpitaux est de nouveau critique, ce combat passera par un nouveau confinement, le troisième depuis mars 2020, néanmoins plus allégé que les deux précédents. Emmanuel Macron a pris cette décision après avoir retardé au maximum l'échéance, mais a dû se rendre à l'évidence : le variant provoque bel et bien une troisième vague massive et dangereuse, alors que la vaccination ne fera pas d'effet avant des mois.

Le dernier point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France, dévoilé ce jeudi 1er avrils dans la soirée, confirme la prédominance du variant anglais.  La "proportion de suspicions de variants d'intérêt 20I/501Y.V1", correspondant au variant anglais (20I/501Y.V1), est désormais estimée à 79,8% des tests criblés en semaine 12, soit du 22 au 28 mars. La proportion de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien) est quant à elle restée stable, à 4,4%. "Les résultats de l'enquête Flash #5 conduite le 16 mars 2021 confirment la prédominance du variant 20H/501Y.V1 (UK), qui représentait 83% des séquences interprétables", ajoute Santé publique France dans son rapport. Les variants sud-africains et brésiliens se maintiennent quant à eux sous les 5% de contaminations.

Combien y a-t-il de cas de variants du Covid en France ?

Santé publique France a donc recensé, entre le 22 et le 28 mars, 120 447 cas correspondant à une suspicion de variant 20I/501Y.V1 (UK) et 6639 à une suspicion de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) sur un total de 288 308 tests de première intention positifs (tests RT-PCR et antigéniques) et 150 834 tests positifs criblés.

Si on regroupe les différentes estimations réalisées par différents acteurs, on peut en tout cas constater une progression rapide depuis le premier cas du variant britannique répertorié en France le 23 décembre. Il s'agissait d'un Français résident en Angleterre et de passage à Tours pour les fêtes. Dans une première enquête "Flash" réalisée le 8 janvier, le variant britannique représentait 3,3% des cas (lire le point épidémio. du 28 janvier), une deuxième vague le chiffrait à 14% le 27 janvier (point épidémio. du 11 février).

Autre preuve que la circulation des variants du coronavirus a évolué  de manière soutenue sur le territoire français : le ministre de la Santé Olivier Véran évoquait une fourchette de "200 à 300" cas par jour pour le variant britannique (UK) début janvier. Si on extrapole les dernières estimations (79,8% des cas de contaminations recensés chaque jour en France relevant du variant anglais), on peut estimer à environ 30 000 le nombre de nouveaux cas de variant anglais quotidiens désormais.

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Quelles sont les régions et départements les plus touchés par les variants ?

Selon le dernier point épidémiologique de Santé publique France, les ont été détectés dans toutes les régions métropolitaines, avec des disparités départementales. "Parmi les 95 départements métropolitains présentant des données interprétables, la proportion du variant 20I/501Y.V1 (UK) était supérieure à 80% dans 54 départements et supérieure à 90% dans six d'entre eux. Sept départements avaient une proportion de suspicions de variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) supérieure à 10%. "Cette proportion était toujours particulièrement élevée en Moselle, (34,7%) ainsi qu'en Meurthe-et-Moselle (16,5%), dans les Vosges (16,5%) et la Vendée (15,3%)", écrit l'agence de santé.

Cartes des variants du Covid en France

Depuis le lundi 8 mars, Santé publique France actualise par ailleurs sur son site Géodes plusieurs cartes affichant la progression des variants anglais, sud-africain et brésilien du coronavirus dans le pays. Ces cartes, qui sont mises à jour quotidiennement, livrent le pourcentage de suspicions de variant parmi les tests criblés dans la base SI-DEP sur une semaine glissante, avec trois jours de retard. Parmi les cartes départementales mises à disposition, trois sont particulièrement intéressantes :  une carte est consacrée au variant 20I/501Y.V1 (anglais), une autre aux variants 20H/501Y.V2 (sud-africain) ou 20J/501Y.V3 (brésilien) sans distinction, qui présentent une mutation très proche (E484K) et une dernière carte, affiche cette fois les suspicions liées à un autre variant. Nous présentons ci-dessous ces cartes établies à partir des données de Santé publique France concernant la circulation des variants du Covid dans le pays. Il peut donc y avoir un léger décalage avec les données présentées plus haut qui sont, elles, hebdomadaires :

Carte du variant 20I/501Y.V1 (UK) par département

Carte du variant 20H/501Y.V2 (ZA) ou 20J/501Y.V3 (BR) par département

Carte des autres variants par département

Un impact du variant britannique sur le taux d'incidence

Comme le montre avec clarté cette multicourbe réalisée par Météo Covid, le variant anglais a bien une incidence sur la circulation du virus : dans les départements où le variant est plus présent, le taux d'incidence du Covid-19 est plus élevé. Une information confirmée par Santé publique France dans ses point épidémiologiques en mars, qui rapportent "une relation croissante entre le pourcentage de suspicions de variants 20I/501Y.V1 (UK), 20H/501Y.V2 (ZA) et 20J/501Y.V3 (BR)" et "l'évolution de l'incidence [...] au niveau départemental" :

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Quelle est la situation en Ile-de-France concernant les variants ?

Le variant britannique du Covid-19 serait notamment en train de se répandre à un rythme soutenu en Ile-de-France. Les estimations des autorités, de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), des labos et les chiffres désormais relayés de manière plus exhaustive par Santé publique France qui donnent la mesure de leur propagation :

  • Le mardi 26 janvier, une analyse de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris (AP-HP), relayée par l'AFP indiquait que le variant VOC 202012/01, aussi appelé B.1.1.7, avoisinait alors les 10% des cas dépistés en région parisienne. L'étude s'est basée sur 1080 tests PCR positifs, réalisés entre le 11 et le 21 janvier dans huit sites de dépistage franciliens. Dans cet échantillon, ce sont très exactement 9,4% des tests positifs qui ont révélé le variant britannique, selon Anne-Geneviève Marcelin, virologue à la Pitié-Salpêtrière, qui s'est exprimée lors d'une conférence de presse.
  • Le mardi 2 février, le Pr Rémi Salomon, président de la commission médicale de l'AP-HP, indiquait pour sa part sur France Info que les variants représentaient alors 15 à 20% des nouveaux cas détectés à Paris et dans l'ensemble de la région capitale, soit une nouvelle progression par rapport aux données du 26 janvier. Evoquant une "circulation très intense du virus", Rémi Salomon estimait que les derniers résultats n'étaient "pas bons" et laissaient augurer "une croissance exponentielle". "On était plutôt aux alentours de 6% le 7 janvier et on est monté à 15-20% la semaine dernière", a-t-il ainsi alerté sur la station de radio, prédisant une "accélération de l'épidémie".
  • Le lundi 8 février, dans Le Parisien, Gilles Pialoux, chef du service des maladies infectieuses hôpital de Tenon à Paris, indiquait que 18 foyers de contaminations au Covid-19 avaient été recensés en janvier rien que dans 5 établissements de l'Assistance publique-Hôpitaux de Paris. Le mercredi 10 février, il s'est de nouveau alarmé de la situation sur BFMTV. "On a une poussée incroyable du variant anglais en Île-de-France. On est autour de 39% de nouvelles contaminations liées au variant anglais. On a des clusters de variant anglais en IDF, mélangeant soignants et soignés."
  • Le mercredi 10 février, Bruno Lina, infectiologue et membre du Conseil scientifique, a quant à lui estimé sur France Inter que "l'Île-de-France était la région dans laquelle la circulation de ce variant anglais est la plus importante. Il représente aujourd'hui 30 à 35% du virus, en Normandie, ils sont environ autour de 10% seulement".
  • Le vendredi 12 février, en dévoilant ses estimations pour la semaine du 1er at 7 février (lire ci-dessus), le laboratoire Biogroup a estimé que l'Ile-de-France était la région la plus touchée par le variant anglais avec des taux allant de 40,5% à Paris jusqu'à 53,9% dans les Yvelines.
  • Le lundi 15 février, en commentant ses chiffres sur France Info, Sylvie Cado, PDG du laboratoire Cerba, a pour sa part estimé à environ 40% à 45% le variant anglais dans la région parisienne.
  • Le jeudi 18 février, dans le point épidémiologique hebdomadaire, Santé publique France chiffrait le variant britannique entre 30 et 50% des tests positifs dans la quasi-totalité des départements franciliens et à plus de 50% dans les Hauts-de-Seine.
  • Le lundi 22 février, le directeur de l'AH-HP, a indiqué sur France Inter qu'"entre 45% et 50%" des patients hospitalisés pour Covid ont développé la souche britannique de la maladie.
  • Le mercredi 24 février, le JDD a publié des données exclusives chiffrant le variant anglais entre 53,4% des cas en Essonne et 62,7% dans les Hauts-de-Seine (52,5% à Paris).
  • Le jeudi 25 février, le point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France a confirmé que la part du variant britannique se situait au-dessus de 50% des nouvelles contaminations en Ile-de-France.
  • Le vendredi 26 février, le laboratoire Biogroup a estimé lui aussi le variant anglais entre 48,6% des cas dans le Val-d'Oise et 60,3% dans les Hauts-de-Seine (56% à Paris) dans son échantillon de tests réalisés du 15 au 21 février 2021.
  • Le jeudi 4 mars, dans le point épidémiologique de Santé publique France, tous les départements d'Ile-de-France faisaient partie des départements où le variant anglais dépassait les 50% des nouveaux cas.
  • Le jeudi 11 mars, dans le point épidémiologique de Santé publique France, tous les départements d'Ile-de-France faisaient partie des départements où le variant anglais dépassait les 50% des nouveaux cas. Dans le détail, la part était de 65,4% à Paris, 66,6% en Essonne, 66,9% dans le Val-de-Marne, 70,7% en Seine-Saint-Denis, 71,4% en Seine-et-Marne, 72% dans les Hauts-de-Seine, 73,4% dans les Yvelines et 77,3% ans le Val d'Oise.
  • Le jeudi 18 mars, dans le point épidémiologique de Santé publique France, le variant anglais se situait entre 73% (Val-de-Marne) et 82% (Val d'Oise) des nouveaux cas. Les variants brésilien et sud-africain ne dépassaient pas les 5%.
  • Le jeudi 25 mars, dans le point épidémiologique de Santé publique France, le variant anglais représentait 67,4% des nouveaux cas à Paris, 76,1% en Seine-Saint-Denis, 76,6% dans l'Essonne, 76,7% dans le Val-de-Marne, 80,3% dans les Yvelines, 80,7% dans les Hauts-de-Seine, 81,4% en Seine-et-Marne et 82,8% dans le Val d'Oise. Les variants brésilien et sud-africain ne dépassaient pas les 5%, sauf en Seine-Saint-Denis (5,1%).
  • Le jeudi 1er avril, dans le point épidémiologique de Santé publique France, le variant anglais représentait entre 65,2% des cas à Paris et 84,2% en Seine-et-Marne et dans le Val d'Oise.

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