Variant Delta : le variant dominant du Covid continue de monter, la carte et les chiffres

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"Variant Delta : le variant dominant du Covid continue de monter, la carte et les chiffres"

Variant Delta : le variant dominant du Covid continue de monter, la carte et les chiffres VARIANT INDIEN. Le variant Delta (dit "indien") du coronavirus provoque une nouvelle explosion de l'épidémie en France. Selon les dernières données de Santé publique France, il avoisine désormais les 85% des nouveaux cas...

[Mis à jour le 23 juillet 2021 à 13h07] Le variant Delta représente désormais 83,5% des nouvelles contaminations au coronavirus en France, selon les dernières données disponibles des autorités. Le dernier bilan épidémiologique de Santé publique France, un peu plus daté pour sa part, le situe quant à lui à 81% des tests positifs. C'est donc bien le variant Delta qui provoque la recrudescence des cas dans le pays depuis la fin juin, avec d'ores et déjà de fortes inquiétudes des autorités sur la puissance et l'impact de la 4e vague et des restrictions rétablies dans certains départements.

Selon une récente étude menée par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies et publiée en preprint sur le site MedRxiv, le variant Delta serait bel et bien plus contagieux que la souche originelle du virus, avec une charge virale qui serait 1 260 fois supérieure à celle du virus apparu en Chine fin 2019. Pire : les personnes seraient contagieuses deux jours plus tôt par rapport à cette souche originelle. 

Ce potentiel de contagion accrue, que confirment les derniers chiffres de contaminations en France, font craindre une dégradation de la situation dans les hôpitaux dans les prochains jours. Selon le médecin et journaliste Damien Mascret, présent sur le plateau du journal de 20 Heures de France 2 le 20 juillet, "les courbes sont faussement rassurantes, parce que si on regarde aujourd'hui, on a 189 hospitalisations par jour en moyenne, (...) mais quand on regarde la projection des cas de patients Delta, on s'aperçoit qu'on est en train de suivre le scénario pessimiste de l'Institut Pasteur, celui qui va nous amener à des taux de 35 à 40 000 cas de contaminations par jour dès le 1er août". Selon le dernier bilan du Covid, publié ce jeudi 22 juillet au soir, on a dénombré 21 909 cas supplémentaires de coronavirus en France en 24 heures, soit 18 292 de plus que jeudi dernier. La moyenne 7 jours est actuellement à 14 310 cas quotidiens, mais croît très rapidement.

Quelle est la part du variant Delta en France ?

On peut mentionner trois séries de données pour prendre la mesure de la progression du variant Delta en France. D'abord, selon les toutes dernières données publiées par Santé publique France sur son site et portant sur la semaine du 13 au 19 juillet 2021, 32 897 résultats positifs pour la mutation L452R, liée au variant Delta, ont été enregistrés sur 42 911 résultats de criblages saisis, soit 83,5% des PCR criblées. Dans le même temps, on dénombrait 2002 résultats positifs pour la mutation E484K (liée aux variants sud-africain et brésilien), soit 5,1% des PCR et 799 résultats positifs soit 2% pour la mutation E484Q (marginale)*.

Dans son bilan épidémiologique hebdomadaire, publié ce 22 juillet comme chaque jeudi soir, Santé publique France chiffre par ailleurs la mutation L452R à 80% des prélèvements positifs criblés sur la semaine 28, (du 12 au 18 juillet 2021). Elle était retrouvée dans 63% des prélèvements positifs criblés en semaine 27, 43% en semaine 26. 

Enfin, on peut citer les enquêtes dites "Flash" menées encore une fois par Santé publique France dans le cadre de la stratégie nationale de surveillance génomique menée avec l'ANRS|Maladies Infectieuses Emergentes (consortium EMER-GEN). La dernière en date, l'enquête Flash #14 du 6 juillet, indique que le variant Delta représentait alors 81% des séquences interprétables (contre 55% dans l'enquête Flash #13 et 35% pour l'enquête Flash #12).

*Attention : seule la moitié des tests environ (49%) est aujourd'hui criblée, c'est à dire analysée pour identifier une mutation. Par ailleurs, rappelons que depuis le 31 mai, dans les tests de criblage, Santé publique France ne cherche pas précisément le type de variant (Alpha, Beta, Gamma, Delta, etc.), mais trois types de mutations : la mutation E484K portée notamment par les variants Beta et Gamma, la mutation E484Q très marginale et la mutation L452R portée notamment par le variant Delta. L'agence estime qu'une grande majorité des tests faisant apparaitre la mutation L452R (au moins les 2 tiers) correspondent bien au variant Delta. Le variant Alpha (britannique), lui, n'est plus systématiquement cherché dans les tests criblés depuis début juin. Il était en effet devenu très largement majoritaire (90%) au printemps mais la proportion de cas positifs a considérablement chuté depuis. Seules les enquêtes Flash permettent encore de le traquer.

Carte du variant Delta en France

Géodes a publié pour la première fois le 1er juillet une carte présentant le criblage de la mutation L452R, caractéristique du variant Delta en France. Elle est depuis mise à jour au quotidien avec les dernières données disponibles. Santé publique France indique que le variant Delta est réparti avec "une grande hétérogénéité" sur le territoire, avec une forte poussée en Ile-de-France, en Nouvelle-Aquitaine et en Auvergne-Rhône-Alpes.

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Qu'est-ce que le variant Delta ? 

Le variant Delta, responsable d'une vague meurtrière en début d'année 2021 en Inde et donc baptisé "variant indien" à l'origine, est considéré comme un "mutant multiple". Il résulte en fait d'une rencontre entre la souche dite californienne, L452R, et de la mutation sud-africaine, E484K. Mais ce virus indien comporte également d'autres mutations. E484Q et L452R permettent au coronavirus de mieux s'accrocher aux cellules pour se répandre plus facilement. En outre, de récentes études montrent que L452R est plus résistante aux anticorps, expliquait dans Le Figaro le Pr Gautam Menon, professeur de physique et de biologie à l'université Ashoka, près de New Delhi. 

Un variant Delta et un variant Delta Plus

Le ministère indien de la Santé a annoncé, mercredi 23 juin, avoir repéré une nouvelle mutation du Covid-19, nommée Delta Plus, et qualifiée de "préoccupante". Trois États du pays ont été placés sous surveillance. Ce variant serait encore plus transmissible que le variant Delta. D'après une étude du Public Health England, le variant indien pourrait entraîner la multiplication des hospitalisations. Après l'analyse de près de 38 000 séquences du virus, les chercheurs estiment désormais que le variant "Delta" aurait un risque d'hospitalisation 2,61 plus élevé, par rapport au variant britannique. 

À cause de cette nouvelle forme, les commerces "non essentiels" sont de nouveau tenus de garder porte close le week-end, dès lors que, localement, le taux de positivité des tests de dépistage, en moyenne sur sept jours, dépasse 5 %, ou que le taux d'occupation des lits d'hôpitaux équipés en oxygène dépasse 40 %. Le variant Delta Plus aurait été identifié à ce stade chez cinquante-cinq patients. D'après le ministère indien de la santé, ce nouveau variant est caractérisé par "une contagiosité accrue, une capacité plus forte à se lier aux récepteurs des cellules pulmonaires et un effet potentiellement réducteur de la réponse des anticorps monoclonaux" à sa présence dans le corps. 

Mais pour l'épidémiologiste Chandrakant Lahariya, "le Delta Plus n'est pas très différent du Delta et il n'a pas suffisamment muté pour pouvoir déclencher aussi rapidement une troisième vague en Inde, où la population a sans doute déjà été contaminée à 60 % ou 70 % par le coronavirus sous ses formes précédentes".

Quels sont les symptômes du variant Delta ?

Les symptômes sont ceux du coronavirus. Anurag Agarwal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi, a expliqué auprès du Figaro il y a quelques semaines que les malades souffraient par ailleurs "de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaire". "On en voit atteints de diarrhée, comme ce fut le cas à New York l'an dernier." Et d'ajouter : "Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu'ils toussent ou éternuent davantage".

Selon Tim Spector, professeur d'épidémiologie génétique au King's College à Londres, le variant Delta "ressemble plus à un mauvais rhume chez les populations plus jeunes et les gens ne le réalisent pas. Cela signifie que les gens pensent avoir un rhume saisonnier, donc ils continuent à sortir faire la fête, et donc inconsciemment peuvent transmettre le virus autour."

La vaccination est-elle efficace contre le variant Delta ?

Les études empiriques démontrent que la vaccination permet de considérablement limiter la circulation du variant et son infection. Selon une note de la Direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques (Drees) datée du 15 juillet 2021, les cas testés positifs au coronavirus en France entre le 28 juin et le 4 juillet 2021 (tous âges confondus) concernaient à 80% des personnes n'ayant reçu aucune dose de vaccin. Ils étaient 11% à avoir reçu une première dose depuis plus de 14 jours ou une deuxième dose depuis moins de 7 jours, 3% à avoir reçu récemment leur première injection. Au global, seuls 6% des cas positifs étaient complètement vaccinées. En limitant l'analyse aux personnes présentant des symptômes, on observe que les malades ayant été complètement vaccinés n'étaient que 4% et la part de non vaccinés grimpait quant à elle à 83 % n'avaient reçu aucune dose de vaccin). En incluant les personnes partiellement vaccinées, on arrive à un taux de 96% chez les malades, un chiffre repris par Olivier Véran le jeudi 15 juillet justement. La Dress souligne néanmoins que ces statistiques peuvent faire apparaître des biais, en particulier liés au fait que les vaccinés peuvent spontanément avoir moins tendance à aller se faire tester ou à la couverture vaccinale (plus la part de la population vaccinée sera importante, plus elle le sera également parmi les cas positifs).

D'autres études ont d'ores et déjà été menées à l'étranger pour tenter de mesurer l'efficacité des vaccins contre le variant Delta. Citons notamment un rapport technique du Public Health England, daté de la mi-juin, donnant les statistiques suivantes : au Royaume-Uni, depuis le 1er février 2021, 35 521 cas d'infections au variant Delta ont été identifiés chez des personnes non vaccinés, 4094 cas chez des sujets ayant reçu un première dose de vaccin depuis moins de 21 jours, 9461 cas chez des personnes ayant reçu une première dose vaccinale depuis plus de 21 jours, et 4087 cas chez des personnes ayant reçu une deuxième dose depuis plus de 14 jours. Autre élément rassurant : une autre analyse "en conditions réelles" de 14 019 cas du variant Delta au Royaume-Uni, publiée encore une fois par le Public Health England en juin 2021, a révélé que les vaccins Pfizer et AstraZeneca étaient respectivement efficaces à 96 % et 92 % contre l'hospitalisation cette fois. Le 8 juillet, Pfizer a réaffirmé dans un communiqué que son vaccin serait en définitive efficace contre le variant Delta, en particulier après une éventuelle troisième dose de rappel.