Variant Delta : quelle est la circulation du variant en France ?

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"Variant Delta : quelle est la circulation du variant en France ?"

Variant Delta : quelle est la circulation du variant en France ? VARIANT INDIEN. Dans son dernier point épidémiologique, Santé publique France révèle que le variant Delta représente prés de 98% des cas de Covid-19 en France.

[Mis à jour le 27 août 2021 à 12h26] Le variant Delta est toujours ultra-majoritaire en France. Santé publique France annonce que le taux d'incidence diminue mais avec des indicateurs hospitaliers en hausse. Les régions PACA, Occitanie, Corse, Guadeloupe et Martinique ont les taux d'incidence et d'hospitalisation les plus élevés. Selon le dernier point épidémiologique de Santé publique France, publié le 27 août, le variant Delta représente 98,1 % des prélèvements positifs.

Carte du variant Delta en France

Géodes met à jour quotidiennement depuis le début du mois de juillet une carte présentant le criblage de la mutation L452R, caractéristique du variant Delta en France. Santé publique France indiquait alors que le variant Delta était réparti avec "une grande hétérogénéité" sur le territoire, avec une forte poussée en Ile-de-France, en Nouvelle-Aquitaine et en Auvergne-Rhône-Alpes. Mais en un mois à peine, l'ensemble du territoire s'est couvert de bleu foncé, avec une majorité écrasante de Delta dans tous les départements.

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Qu'est-ce que le variant Delta ? 

Le variant Delta, responsable d'une vague meurtrière en début d'année 2021 en Inde et donc baptisé "variant indien" à l'origine, est considéré comme un "mutant multiple". Il résulte en fait d'une rencontre entre la souche dite californienne, L452R, et de la mutation sud-africaine, E484K. Mais ce virus indien comporte également d'autres mutations. E484Q et L452R permettent au coronavirus de mieux s'accrocher aux cellules pour se répandre plus facilement.

Selon une récente étude menée par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies et publiée en preprint sur le site MedRxiv, le variant Delta serait bel et bien plus contagieux que la souche originelle du virus, avec une charge virale qui serait 1 260 fois supérieure à celle du virus apparu en Chine fin 2019. Pire : les personnes seraient contagieuses deux jours plus tôt par rapport à cette souche originelle. Le Figaro s'est intéressé à cette question ce 27 juillet. Selon Jérémie Guedj, chercheur à l'Inserm et spécialiste de la modélisation des dynamiques virales, "le chiffre de 1260 a été obtenu en comparant les quantités de virus chez ces patients et celles relevées en 2020 chez d'autres patients infectés lors de la première vague. C'est une limitation de l'étude, se référer à des données historiques apporte une imprécision. Mais il aurait été difficile de faire autrement. Un facteur mille n'est pas impossible mais pour le variant anglais, sur lequel on a beaucoup plus de recul, on n'est toujours pas parvenu à calculer cette valeur.". 

Un variant Delta et un variant Delta Plus

Le ministère indien de la Santé a annoncé, mercredi 23 juin, avoir repéré une nouvelle mutation du Covid-19, nommée Delta Plus, et qualifiée de "préoccupante". Trois États du pays ont été placés sous surveillance. Ce variant serait encore plus transmissible que le variant Delta. D'après une étude du Public Health England, le variant indien pourrait entraîner la multiplication des hospitalisations. Après l'analyse de près de 38 000 séquences du virus, les chercheurs estiment désormais que le variant "Delta" aurait un risque d'hospitalisation 2,61 plus élevé, par rapport au variant britannique. 

À cause de cette nouvelle forme, les commerces "non essentiels" sont de nouveau tenus de garder porte close le week-end, dès lors que, localement, le taux de positivité des tests de dépistage, en moyenne sur sept jours, dépasse 5 %, ou que le taux d'occupation des lits d'hôpitaux équipés en oxygène dépasse 40 %. Le variant Delta Plus aurait été identifié à ce stade chez cinquante-cinq patients. D'après le ministère indien de la santé, ce nouveau variant est caractérisé par "une contagiosité accrue, une capacité plus forte à se lier aux récepteurs des cellules pulmonaires et un effet potentiellement réducteur de la réponse des anticorps monoclonaux" à sa présence dans le corps. 

Mais pour l'épidémiologiste Chandrakant Lahariya, "le Delta Plus n'est pas très différent du Delta et il n'a pas suffisamment muté pour pouvoir déclencher aussi rapidement une troisième vague en Inde, où la population a sans doute déjà été contaminée à 60 % ou 70 % par le coronavirus sous ses formes précédentes".

Quels sont les symptômes du variant Delta ?

Les symptômes sont ceux du coronavirus. Anurag Agarwal, directeur de l'Institut de génomique et de biologie intégrative de Delhi, a expliqué auprès du Figaro il y a quelques semaines que les malades souffraient par ailleurs "de maux de tête, de congestion nasale, de maux de gorge, de douleurs musculaire". "On en voit atteints de diarrhée, comme ce fut le cas à New York l'an dernier." Et d'ajouter : "Et le climat étant chaud et sec cette saison, certains saignent du nez ou de la gorge parce qu'ils toussent ou éternuent davantage".

Selon Tim Spector, professeur d'épidémiologie génétique au King's College à Londres, le variant Delta "ressemble plus à un mauvais rhume chez les populations plus jeunes et les gens ne le réalisent pas. Cela signifie que les gens pensent avoir un rhume saisonnier, donc ils continuent à sortir faire la fête, et donc inconsciemment peuvent transmettre le virus autour."

La vaccination est-elle efficace contre le variant Delta ?

Plusieurs études empiriques ont démontré jusqu'ici que la vaccination permet de considérablement limiter la circulation du variant et en particulier les formes graves. Selon une note de la Direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques (Dress), datée du 30 juillet 2021 indique qu'entre le 31 mai et le 11 juillet 2021, les non-vaccinés représentaient près de 85% des entrées hospitalières, "que ce soit en hospitalisation conventionnelle ou en soins critiques". Les patients complètement vaccinés comptaient en revanche pour environ 7 % des admissions, "une proportion cinq fois plus faible que celle observée en population générale (35 % en moyenne durant la période d'étude)", indique la Dress.

D'autres études ont d'ores et déjà été menées à l'étranger pour tenter de mesurer l'efficacité des vaccins contre le variant Delta. Le 21 juillet le New England Journal of Medecine concluait que les deux doses du vaccin Pfizer protégeaient à 88% contre les effets néfastes du variant. Un rapport technique du Public Health England, daté de la mi-juin, donnait également des statistiques encourageantes, comme une autre analyse "en conditions réelles" de 14 019 cas du variant Delta au Royaume-Uni, publiée encore une fois par le Public Health England en juin 2021. Elle indiquait que les vaccins Pfizer et AstraZeneca étaient respectivement efficaces à 96 % et 92 %, mais contre l'hospitalisation cette fois. Mi-mai, une étude du même centre expliquait toutefois une efficacité affaiblie contre les formes symptomatiques de la maladie : 60% contre le variant Delta, contre 66% pour le Alpha.

Encore une part d'incertitude

Car d'autres études sont plus mitigées au sujet de l'efficacité du vaccin contre le variant Delta. Un travail, réalisée par les autorités britanniques et publiée début juin dans la revue médicale The Lancet indiquait que le niveau d'anticorps neutralisants était près de six fois moins élevé en présence du variant Delta qu'en présence de la souche historique du virus. Des conclusions proches de celles de l'Institut Pasteur, qui expliquait fin mai que les anticorps neutralisants produits par la vaccination avec Pfizer/BioNTech étaient trois à six fois moins efficaces contre le variant Delta que contre le variant Alpha.

Le 8 juillet, Pfizer a réaffirmé dans un communiqué que son vaccin serait en définitive efficace contre le variant Delta, en particulier après une éventuelle troisième dose de rappel. Les données d'efficacité du vaccin Moderna et du vaccin Janssen contre le variant Delta sont pour l'instant  incomplètes, mais l'efficacité de ces deux vaccins a également été défendue par les laboratoires qui les produisent.