Avec sa femme Nathalie Marquay,
Jean-Pierre Pernaut avait adopté depuis plusieurs années la ville de Louveciennes dans les Yvelines, où il possédait une magnifique maison. Le journaliste avait aussi choisi d'habiter là-bas car la commune se trouve à quelques minutes de Boulogne-Billancourt, là où se trouve la tour TF1 et les studios du JT de 13h. D'après Planet.fr, il possédait également une demeure familiale dans le Var.