Si Elise Lucet est souvent attaquée, insultée ou boycottée lors de ses enquêtes, il lui est également déjà arrivé d'être en conflit avec la direction de France Télévisions. En septembre 2016, la journaliste a révélé que le directeur de l'information de France Télévisions Michel Field avait voulu annuler la diffusion d'un numéro d'Envoyé Spécial. Le reportage sur l'affaire Bygmalion aurait dérangé Nicolas Sarkozy en pleine primaire de la droite alors qu'il était le premier invité de l'émission de David Pujadas. Elise Lucet a rapporté dans Le Parisien : "On s'est engueulés avec Michel Field. Il y a eu des incompréhensions. À certains moments, on n'a pas écouté l'équipe d'Envoyé spécial (…) car le calendrier politique a pris plus d'importance".
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