Le premier risque naturel de Franche-Comté est celui d'inondation. Ensuite, viennent les éboulements, glissements et autres mouvements de terrain. inondations : 36% des communes de la région sont concernées, soit environ 653. Les zones inondables figurent entre Belfort et Montbéliard et dans le bassin Allan-Savoureuse.   séisme : la sismicité étudiée est faible voire très faible dans le Doubs et la Haute-Saône.  mouvements de terrain : ils sont observés à Lons-le-Saunier et au sud de Montbéliard. risque industriel : 4 établissements classés Seveso AS (seuil haut). Les autres risques (feu de forêt, incident nucléaire, et tempête) sont très minoritaires voire inexistants.  Et aussi :
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