Nombreuses sont les plaintes et les accusations d'anciens élèves concernant des agressions sexuelles à Bétharram. Francis, un ancien pensionnaire de l'établissement dans les années 60 raconte à France 3 les violences perpétrées sous la douche : "Les surveillants insistaient pour que l'on se savonne bien l'entrejambe, nous touchant le sexe en le savonnant aussi, sous prétexte d'hygiène". Mais les attouchements pouvaient survenir n'importe où et par n'importe qui, même "de la part des prêtres lors des confessions". Francis se souvient des messes obligatoires du matin : un frère lui "palpait le corps, de haut en bas, de manière très appuyée" et lui disait qu'il était "sale, vicieux" puis "|l]'embrassait sur la bouche en [lui] donnant l'absolution et les prières de pénitence à réciter".
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