Sous variant BA.2 d'Omicron : plus contagieux mais probablement pas plus dangereux
Ce mercredi 2 février, lors de son traditionnel point presse suivant le Conseil de défense sanitaire, le porte-parole du gouvernement Gabriel Attal a souligné que le sous-variant BA.2 "nous pousse à la prudence". Une déclaration qui intervient alors que la forte contagiosité de BA.2 semble se confirmer, à mesure que les informations sur cette nouvelle mutation paraissent au compte-gouttes. Ainsi, lors d'une conférence de presse, l'organisation mondiale de la Santé (OMS) a fait, ce mardi 1er février, le point sur ce sous-lignage. Assurant qu'"il n'y a aucune preuve d'une différence de gravité entre la sous-variante BA.2 et la variante d'origine" BA.1 (Omicron tel qu'on le connaît), l'agence de santé publique a appuyé sur le fait que BA.2 était bien "plus transmissible que BA.1". L'OMS a noté que cette différence de contagiosité était, pour l'heure, jugé plus faible que l'écart de contagiosité entre Omicron et Delta. Cependant, cette plus haute transmissibilité a permis à BA.2 de supplanter son grand frère Omicron dans plusieurs pays, dont le Danemark, le Népal, le Qatar, l'Inde, ou encore les Philippines. Autre élément inquiétant, également relevé par l'OMS : BA.2 serait "plus apte à infecter les personnes vaccinées". Ces nouvelles connaissances sur le sous-lignage d'Omicron poussent donc l'OMS à appeler à la mesure dans l'assouplissement des restrictions sanitaires - assouplissement déjà entamé dans plusieurs pays.
Le variant BA.2 est plus contagieux qu'Omicron
Dans un communiqué, l'Autorité danoise de contrôle des maladies infectieuses (SSI) revient sur l'étude sur le sous-variant BA.2 publiée le 31 janvier, qu'elle a menée conjointement avec des scientifiques de l'Université de Copenhague, du Bureau des statistiques du Danemark et de l'Université technique du Danemark. Deux éléments ressortent particulièrement de cette étude. Déjà, que la propagation rapide du sous-variant BA.2 "pourrait être liée à une transmissibilité accrue inhérente de la sous-variante". Cette contagiosité est, d'après les résultats de l'étude, plus élevée que celle du variant BA.1 (soit du variant Omicron tel qu'on le connaissait jusqu'ici). En outre, si une personne de votre foyer est infectée par le sous-variant BA.2, "il y a un risque global de 39% qu'un autre membre du foyer soit infecté au cours de la première semaine". A titre de comparaison, si une personne de votre foyer est infectée par BA.1, ce risque tombe à "29%". "Le risque d'être infecté était plus élevé chez les personnes non-vaccinées que chez les membres du ménage vaccinés et vaccinés par rappel dans les ménages infectés par BA.2 et BA.1, soulignant un effet positif de la vaccination contre les deux variantes d'Omicron", pointe également l'étude.
Ressort aussi de cette étude qu'"il existe des preuves à l'appui des propriétés d'évasion immunitaire du sous-variant BA.2". En revanche, l'étude ne souligne à aucun moment une plus grande virulence du sous-variant BA.2 par rapport au variant Omicron. Si elle a porté sur 17 945 personnes (pour un total de 8 541 ménages) entre le 20 décembre 2021 et le 18 janvier 2022, elle doit encore être "évaluée par des pairs", rappelle l'Autorité danoise de contrôle des maladies infectieuses à la fin de son communiqué.
Pour rappel, le BA.2 est un sous-variant d'Omicron, mutation elle-même divisée en trois sous-lignages (BA.1, soit Omicron tel qu'on le connait, BA.2 et BA.3). C'est pourquoi il présente beaucoup de similitudes avec la mutation repérée pour la première fois en Afrique du Sud, et est difficilement identifiable. La mutation BA.2 concentre, depuis plusieurs jours, l'attention de la France et du monde, alors que le pic de la vague d'Omicron, initialement attendu pour la mi-janvier, n'est toujours pas franchi et que le nombre de nouvelles contaminations quotidiennes bat régulièrement des records. Les premiers résultats des séquençages de la mutation ont révélé de nombreuse similitudes entre les variants BA.2 et Omicron mais également une différence notable sur la protéine Spike qui détermine la contagiosité du virus mais aussi les effets de la réponse immunitaire permise par les anticorps. Parmi ces particularités, une pourrait empêcher "les cellules humaines [de] reconnaître [le variant], alors même qu'elles auraient déjà été exposées au variant Omicron", selon les explications d'Olivier Véran. Ces premiers élément de réponse suggèrent que la contagiosité du sous-variant est plus importante. "BA.2 semble se transmettre plus facilement", confirmait Troels Lillebaek, l'épidémiologiste danois et directeur du Statens Serum Institut, sur BFMTV.
Quand est apparu le variant BA.2 ?
Le sous-variant BA.2 est une forme évoluée de la mutation BA.1, communément appelé Omicron. Si la plus ancienne séquence génomique d'Omicron date du 25 octobre 2021, celle du BA.2 n'est apparue qu'une semaine plus tard, le 1er novembre. Malgré ce séquençage, la sous-mutation n'est été vraiment identifiée que le 7 décembre et il a fallu attendre encore davantage avant qu'elle ne se reproduise à grande échelle, au point de devenir majoritaire au Danemark. Le pays nordique est celui où le variant BA.2 circule le plus. Il représente déjà 66% des cas de Covid-19. La mutation s'est répandue comme une trainée de poudre en à peine quelques semaines, elle représentait 20% de tous les cas de Covid-19 au Danemark au cours de la semaine du 27 décembre au 2 janvier, et 45% lors de la semaine du 10 au 16 janvier, d'après les données du Statens Serum Institut.
Le variant BA.2 circule-t-il en France ?
Issue d'Omicron, la mutation BA.2 a des chances de se répandre en France. Au 25 janvier, seulement 60 contaminations étaient dues au nouveau variant selon le ministre de la Santé. En réalité, il est impossible de comptabiliser le nombre de cas de BA.2 car "la détection des mutations du SARS-CoV-2 par criblage ne permet pas, dans la plupart des laboratoires, de distinguer BA.1 de BA.2 " a expliqué la biologiste Florence Débarre, au Monde. Il faudrait modifier les cibles des criblages ou séquencer la totalité du génome viral pour identifier la nature du variant, or "la remontée des données du séquençage en France n'est pas immédiate".
Quelles sont les différences entre le variant BA.2 et Omicron ?
Les variants Omicron, ou BA.1, et BA.2 appartiennent à une même famille de mutations ; BA.2 serait même une évolution d'Omicron. Pour l'essentiel les deux mutations se ressemblent mais le virologue Etienne Decroly a remarqué que "BA.2 porte moins de mutations que BA.1, notamment sur la protéine Spike". La protéine Spike est particulièrement surveillée puisqu'elle concentre les caractéristiques liées à la contagiosité et au déclenchement d'une réponse immunitaire. Dans le détail, le scientifique explique que sur le "site de clivage de la furine" et le site RBD (receptor binding domain) qui jouent respectivement sur les capacités du virus à infecter les cellules humaines et à déclencher une réponse neutralisante des anticorps, aucune différence significative de BA.2 par rapport à Omicron n'est à signaler. En revanche, sur le domaine NTD, "domaine N-terminal", joue un rôle dans l'activation des anticorps neutralisants, des différences notables ont été repérées et laissent suggérer que des anticorps créés pour lutter contre Omicron ne seraient pas capable d'apporter une réponse immunitaire contre le variant BA.2. En d'autres termes, une personne déjà contaminée par Omicron pourrait tout de même être infectée par le sous-variant BA.2.
Si le risque d'être infecté par le variant BA.2 existe même après une contamination à Omicron, la mutation ne serait pas à l'origine de forme grave. Comme pour son aîné, le BA.2 pourrait donc être plus contagieux mais moins dangereux et envoyer moins de malades à l'hôpital. Le directeur de l'institut de recherche danois, Troels Lillebaek, indiquait sur BFMTV : "Les indicateurs préliminaires montrent qu'il n'y a pas de différence entre BA.1 et BA.2 pour les hospitalisations, qu'il n'est pas plus virulent".