Le filtre vertical, comme l'horizontal, est rempli de granulats : du sable assez fin en surface, puis de plus gros grains au fond du filtre. Ce granulat, combiné aux racines des plantes qu'il accueille et aux "nutriments" que contiennent les eaux usées, constituent un milieu idéal pour le développement des micro-organisme qui permettent d'épurer l'eau. Ce n'est donc pas tant la partie superficielle des plantes qui permet d'assainir les eaux usées, que leurs racines.
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