La dernière phase de mise en œuvre de la filière de phytoépuration consiste à planter des végétaux dans les deux filtres. Dans le filtre vertical, on plante ici des roseaux, qui peuvent supporter de grosses charges organiques. Grâce à leur puissant rhizome (tige souterraine), l'eau est déjà assainie à 90% lorsqu'elle quitte le filtre vertical ! Dans le filtre horizontal, on plante des végétaux aquatiques qui supporteront bien d'être toujours dans une certaine hauteur d'eau. On sélectionne donc des massettes, des iris des marais, des joncs, de la menthe aquatique, des salicaires ou encore des rubaniers.
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