La restauration du Théâtre Colon a commencé en 2001. Le vaste plan de rénovation du bâtiment, décidé en 2000, a deux objectifs principaux : préserver l'architecture originelle de l'édifice, monument exceptionnel du patrimoine argentin, et conserver les qualités acoustiques de la salle, réputée dans le monde entier.

Le chantier s'est déroulé en trois étapes :
» Une phase préparatoire (2001-2003) : prise de mesures acoustiques, études, diagnostic...
» Une première phase de travaux (2004-2005) : rénovation du toit en zinc, petits travaux de restauration... alors que l'Opéra était encore ouvert.
» L'étape finale des travaux (2006-2008) : la salle est fermée au public et les grands travaux nécessitant notamment le démontage des sièges sont entamés.

» Il s'agit tout d'abord de rénover entièrement le bâtiment existant. Les fenêtres à vitraux, le toit en zinc, les balcons, les coupoles sont restaurées à l'identique tandis que des améliorations sont apportées à la cafétéria, aux loges et aux bureaux. Cette dernière partie est mise aux normes afin de permettre aux artistes ainsi qu'au personnel du théâtre de travailler dans de bonnes conditions.
» Une extension doit être ajoutée sur la "Plaza del Vaticano", la place du théâtre. Ce sont les architectes Matias Gigli et Rodolfo Nieves, gagnants d'un concours international lancé en 2001, qui sont chargés de concevoir cette seconde scène destinée à l'accueil de mises en scènes plus contemporaines et qui permettra également de produire des concerts en plein air.
» La scène, qui compte parmi les plus grandes du monde, doit être également repensée afin de permettre de monter et démonter plus facilement les différentes productions. Une modernisation qui doit se faire sans trahir la structure existante.