Patrick Stewart a été marié à trois reprises. Il divorce de sa première épouse, Sheila Falconer, en 1990, mettant fin à 24 ans de mariage. Quelques années plus tard, en 2000, il épouse Wendy Neuss, l'une des productrices de la série Star Trek : Nouvelle génération. Toutefois, l'idylle ne durera pas, puisque le couple divorce trois ans plus tard. En 2008, le comédien alors âgé de 68 ans, commence à fréquenter la chanteuse Sunny Ozell, de 38 ans sa cadette. Ils se marient  en 2013, au cours d'une union officiée par l'acteur Ian McKellen (Magneto dans les films X-Men). Le couple est à ce jour toujours marié. Patrick Stewart a eu deux enfants de son mariage avec sa première femme, un fils, Daniel, et une fille, Sophia.
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