Dans cette région où le climat peut être parfois bien rude en hiver, les spécialités culinaires n'ont donc pas froid aux yeux, en témoigne la saucisse de Morteau. Typique du Jura, le vin jaune d'Arbois prend des saveurs de cire, de noix et d'amandes. En Franche-Comté, les fromages ont également une belle réputation : Comté, Cancoillotte, Bleu de Gex ou Mont-d'Or du Haut Doubs qui peut se consommer chaud à la petite cuillère.
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