L'acteur que beaucoup ont vu dans la saga Transformers a longtemps été sous le feu des critiques pour des affaires diverses et variées. En 2013, son premier court-métrage, Howard Cantour.com, est accusé de plagiat par Daniel Clowes, auteur de comics. Celui-ci pointe du doigt le court-métrage de l'acteur comme ressemblant beaucoup à une de ses œuvres : Justin M. Damiano. Cette affaire verra Shia Labeouf s'excuser publiquement sur Twitter (notamment avec une photo d'un message dans le ciel : "Je suis désolé Daniel Clowes.")
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