12,56% de la population vit en zone inondable La Garonne et ses affluents menacent constamment ce département. Comme dans les Hautes-Pyrénées voisines, un redoux brusque en montagne, ou un surcroit de précipitations venu de la Méditerranée peut transformer le fleuve en torrent et menacer Toulouse. La ville a d'ailleurs été inondée à de nombreuses reprises, notamment en 2000. La crue la plus célèbre demeure celle de juin 1875, qui avait provoqué la mort de 200 personnes.
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