A l'été 2021, Jean-Pierre Pernaut est diagnostiqué d'un cancer du poumon. Rapidement, il est opéré pour retirer une tumeur, ce qui lui laisse entrevoir un mieux après une période de convalescence. Cependant, à l'automne 2021, un cancer du poumon est à nouveau décelé. Cette fois, celui-ci est inopérable. Il doit donc se prêter à des séances de radiothérapie. D'après les informations d'Isabelle Morini-Bosc, journaliste pour RTL, ce n'est pas pour son cancer du poumon qu'il avait été hospitalisé à l'hôpital Georges Pompidou car "il était semble-t-il en train de vaincre" cette maladie.
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