Après l'annonce de son cancer de la prostate, Jean-Pierre Pernaut avait mis un point d'honneur à lutter contre le tabou de ce cancer masculin. Depuis, il encourage les hommes à se faire dépister et surtout à mettre leur fierté de côté pour leur santé. Chez Paris Match en avril 2019, il expliquait que "40% des hommes sont atteints par cette maladie, 10% seulement en meurent. J'en parle pour cette raison : pour informer. Pendant longtemps, les femmes n'évoquaient pas leur cancer du sein, ce qui compliquait le dépistage. Le cancer de la prostate touche les hommes plus que celui du sein les femmes, et il demeure un tabou. Parce qu'il est mal placé, sûrement, et qu'il atteint la virilité masculine". Dans sa lutte contre ces tabous, il peut compter sur sa femme Nathalie Marquay qui a elle-même été atteinte d'une leucémie.
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