Faute d'avoir trouvé un accord avec Apple et parce que la France a souhaité garder la main sur le fonctionnement du logiciel, l'appli du gouvernement comporte un défaut pour les possesseurs d'iPhone. Si StopCovid fonctionne sur tout type de smartphones, y compris ceux de la marque à la pomme, elle reste inefficace dans une situation particulière. Dans un groupe de personnes n'ayant que des iPhone et dont tous les appareils sont en veille, l'appli peut rester "endormie".  StopCovid doit alors être "réveillée" par un autre smartphone émettant lesdits signaux, mais seulement s'il s'agit de téléphones sous Android. S'il s'agit d'autres iPhone, qui ne sont pas en capacité d'émettre en permanence, alors elle reste "endormie". Faute d'utiliser l'API Exposure notifications spécialement développée par Apple et Google pour la crise sanitaire, StopCovid est donc inopérante dans cette situation.
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