Dans l'Armée des 12 singes, Bruce Willis est James Cole. Il est renvoyé dans le passé pour empêcher la propagation d'un virus qui a anéanti cinq milliards d'êtres humains. Dans son périple, Cole découvre la condition d'interné dans un asile psychiatrique, les tranchées de 1914 et enfin l'année 1996 (date du début de l'épidémie). Il parvient à identifier le coupable, le docteur Peters (David Morse). Alors qu'il tente de l'éliminer, Cole est abattu par la police sous les yeux d'un petit garçon... qui n'est autre que lui-même. Le docteur Peters prend l'avion pour répandre son virus. On découvre alors qu'il est assis à côté d'une scientifique qui a été envoyée du futur... L'humanité sera-t-elle sauvée ? Ou les scientifiques sont-ils à l'origine de l'épidémie afin de contrôler la terre ? La question reste en suspens à la fin du film.
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