Joaquin Phoenix fait partie d'une fratrie de cinq enfants. Il a trois sœurs : Rain, Liberty et Summer, et un frère aîné, l'acteur River Phoenix. Jaloux d'être le seul à ne pas avoir de prénom qui se rapporte à la nature, le comédien décidera de changer son prénom : il se fera appeler Leaf, ce qui signifie feuille en anglais. Il finira par reprendre son prénom de naissance en 1989. C'est pour cela qu'il est crédité sur certains de ses anciens films non pas sous le nom de Joaquin Phoenix, mais sous celui de Leaf Phoenix. 
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