Si la construction d'une retenue de substitution s'intègre dans un projet de territoire pour la gestion de l'eau (PTGE), elle peut être subventionnée par les agences de l'eau. Pour prendre un exemple concret du coût que peut représenter l'édification des méga-bassines : dans les Deux-Sèvres, 16 méga-bassines doivent être construites, au profit d'un groupement de 400 agriculteurs réunis au sein de la Coop de l'eau. Soutenu par l'État, le projet représente un coût de 60 millions d'euros minimum, financé à 70 % par des subventions publiques.
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