Au sommet en tant que joueur, Jean-Pierre Papin a connu de nombreuses désillusions en tant que coach. En 2007, il réussit à faire remonter Strasbourg en Ligue 1 mais n'est pas reconduit dans ses fonctions en fin de saison. Nommé ensuite à Lens, en août 2007, il ne parvient pas à sauver le club artésien de la relégation et est licencié au terme de la saison 2007-2008. Sa seule vraie satisfaction arrive 2010 lorsqu'il parvient à sauver Châteauroux de la relégation en National. Dans la foulée, il décide toutefois de quitter le club. Depuis, il n'a pas retrouvé de poste dans une équipe professionnelle et joue le rôle de consultant sur beIN Sports. En janvier 2017, son arrivée à Auxerre était quasiment bouclée mais plusieurs réticences internes, dont celles de Guy Roux, ont empêché l'affaire de se conclure...
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