Si Nagui est heureux en amour avec la comédienne Mélanie Page, il est aussi un père comblé. Ensemble, ils ont eu deux filles : Roxane et Annabel. D'après le magazine Public, sa femme attendrait d'ailleurs leur troisième enfant. L'animateur est aussi le père de Nina, née de sa relation avec l'animatrice Marine Vignes.
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