En 1590, les Malouins refusent de se soumettre au roi Henri IV tant qu'il ne se convertit pas au catholicisme. Ils finissent par tuer leur gouverneur et la ville deviendra pendant 4 ans une cité-état avec son propre Sénat. Elle sera définitivement annexée par la France sous Anne de Bretagne. De cette époque rebelle est restée la devise de Saint-Malo : "Ni français, ni breton, malouin suis !".
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