La partie endommagée du Pentagone, connue sous le nom de "E-Ring", s'écroule à son tour faisant peu de blessés. Le bâtiment a depuis longtemps été évacué. Le Pentagone sera d'ailleurs au centre des théories du complot qui ont fleuri après les attentats. Aucun avion n'est en effet visible sur les premières images diffusées dans les médias. On prétend qu'une manœuvre pour jeter un avion contre le Pentagone est trop complexe. La thèse d'un simple missile émerge. Selon les "conspirationnistes", les attentats du 11 septembre ont été fomentés par le gouvernement américain pour justifier l'invasion de l'Afghanistan et de l'Irak.