Tom Cruise est le fils de Thomas Mapother III, ingénieur électricien, et de Mary Lee Pfeiffer, une enseignante en éducation spécialisée. Tom Cruise n'avait pas de bonnes relations avec son père. Auprès de Parade magazine en 2006, il le décrit comme un "bourreau et un lâche... Le genre de personne qui, lorsque quelque chose se passe mal, vous frappe. C'était une bonne leçon de vie : il vous endort dans un premier temps, vous êtes alors en confiance, et puis, BANG". Ses parents divorcent en 1974. Tom Cruise explique également qu'il n'a pas revu son père avant les années 1980, lorsqu'il était "à l'hôpital, mourant d'un cancer, et il a seulement accepté de me voir à condition que je ne lui parle pas du passé."
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