Dans un contexte de changement climatique et de sécheresses à répétition, les militants anti-bassines dénoncent aussi une fragilisation des nappes phréatiques. Pour eux, la réserve d'eau qui devrait normalement être préservée de l'évaporation bien abritée sous terre… se retrouve à l'air libre, ce qui peut entraîner une perte en eau potable par évaporation entre 30% et 50% l'été, quand il fait très chaud, souligne Bruno Parmentier, spécialiste des questions agricoles interrogé par Franceinfo. La pollution induite par les "piscines géantes" est aussi décriée : construction des espaces de stockage et fabrication des bâches d'imperméabilisation des bassines créent une artificialisation des sols. A l'air libre, l'eau, pure en sous-sol, subirait également diverses pollutions.
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